سلسلة الرنا
سَلسَلة الرنا (بفتح السين) (بالإنجليزية: RNA-Seq) وتسمى كذلك السَلسَلة العشوائية لكامل النسخوم (بالإنجليزية: whole transcriptome shotgun sequencing)[2] هي تقنية تستخدم سَلسَلة عالية الإنتاج (سَلسَلة الجيل التالي) للكشف عن تواجد وكمية الرنا في عينة بيولوجية في لحظة معينة.[3][4][5]
تُستخدم سَلسَلة الرنا في دراسة التغير المستمر للنسخوم الخلوي. وبشكل خاص، تسهِّل سَلسَلة الرنا القدرة على تحديد نُسَخِ الجين المضفرة بالتضفير البديل، تعديلات ما بعد النسخ، اندماج الجين، الطفرات/ تعدد أشكال النوكليوتيدات المفردة والتغيرات في التعبير الجيني مع مرور الوقت، أو الاختلافات في التعبير الجيني في مجموعات أو علاجات مختلفة.[6] فضلا عن نسخ الرنا الرسول، يمكن لسَلسَلة الرنا البحث في مختلف أنواع الرنا بما في ذلك الرنا الصغير مثل الرنا الميكروي والرنا الناقل والرنا الريبوسومي.[7] يمكن كذلك استخدام سَلسَلة الرنا لتحديد الحدود بين الإكسونات والإنترونات والتأكد من وتعديل حدود النهاية 5' والنهاية 3' الموضوعة سابقا للجينات. التقدمات الحديثة في سَلسَلة الرنا تشمل سَلسَلة خلية مفردة والسَلسَلة الموضعية لنسيج مثبت.[8]
قبل تطوير سَلسَلة الرنا، كانت دراسات التعبير الجيني تتم بواسطة التهجين المبني على المصفوفات الدقيقة، ومن مشاكل المصفوفات الدقيقة: أخطاء التهجين التصالبي (cross-hybridization artifacts)، التكميم (تحديد الكمية) الضعيف للجينات المعبر عنها بقلة أو بكثرة، والحاجة إلى معرفة التسلسل مسبقا.[9] وبسبب هذه المشاكل التقنية، انتقلت النسخوميات إلى الطرق المبنية على تحديد التسلسل. وتطورت هذه الأخيرة من سَلسَلة سانغر لمكتبات تسلسل الوسم المعبر عنه إلى طرق مبنية على وسوم كيميائية (مثل: التحليل التسلسلي للتعبير الجيني) وأخيرا إلى التقانة الحالية: سَلسَلة الجيل التالي أو السَلسَلة عالية الإنتاج للدنا المتمم (وبشكل أخص سَلسَلة الرنا).
مراجععدل
- ^ "Informatics for RNA Sequencing: A Web Resource for Analysis on the Cloud". PLoS Computational Biology. 11 (8): e1004393. أغسطس 2015. Bibcode:2015PLSCB..11E4393G. doi:10.1371/journal.pcbi.1004393. PMC 4527835. PMID 26248053.
- ^ "Profiling the HeLa S3 transcriptome using randomly primed cDNA and massively parallel short-read sequencing". BioTechniques. 45 (1): 81–94. يوليو 2008. doi:10.2144/000112900. PMID 18611170. مؤرشف من الأصل في 2019-03-31.
{{استشهاد بدورية محكمة}}: الوسيط|إظهار المؤلفين=6غير صالح (مساعدة) - ^ "RNA sequencing: platform selection, experimental design, and data interpretation". Nucleic Acid Therapeutics. 22 (4): 271–4. أغسطس 2012. doi:10.1089/nat.2012.0367. PMC 3426205. PMID 22830413.
- ^ "RNA-Seq: a revolutionary tool for transcriptomics". Nature Reviews Genetics. 10 (1): 57–63. يناير 2009. doi:10.1038/nrg2484. PMC 2949280. PMID 19015660.
- ^ "RNA-seqlopedia". rnaseq.uoregon.edu. مؤرشف من الأصل في 2019-06-12. اطلع عليه بتاريخ 2017-02-08.
- ^ "Transcriptome sequencing to detect gene fusions in cancer". Nature. 458 (7234): 97–101. مارس 2009. Bibcode:2009Natur.458...97M. doi:10.1038/nature07638. PMC 2725402. PMID 19136943.
- ^ "The ribosome profiling strategy for monitoring translation in vivo by deep sequencing of ribosome-protected mRNA fragments". Nature Protocols. 7 (8): 1534–50. يوليو 2012. doi:10.1038/nprot.2012.086. PMC 3535016. PMID 22836135.
- ^ "Highly multiplexed subcellular RNA sequencing in situ". Science. 343 (6177): 1360–3. مارس 2014. Bibcode:2014Sci...343.1360L. doi:10.1126/science.1250212. PMC 4140943. PMID 24578530.
{{استشهاد بدورية محكمة}}: الوسيط|إظهار المؤلفين=6غير صالح (مساعدة) - ^ "RNA Sequencing and Analysis". Cold Spring Harbor Protocols. 2015 (11): 951–69. أبريل 2015. doi:10.1101/pdb.top084970. PMC 4863231. PMID 25870306.
