افتح القائمة الرئيسية
Circle-icons-typography-ar.svg
هذه المقالة تحتاج لتدقيق لغوي أو إملائي. فضلًا ساعد في تحسين هذه المقالة بإجراء التصحيحات اللغوية المطلوبة.
كلوستال
Hemagglutinin-alignments.png
لقطة شاشة
معلومات عامة
نوع
Bioinformatics tool
موقع الويب
معلومات تقنية
المطور الأصلي
Desmond G. Higgins  [لغات أخرى]الاطلاع ومراجعة البيانات على ويكي داتا
المطورون
لغة البرمجة
C++
الرخصة

كلوستال و بالإنجليزية (Clustal): هو برنامج حاسوبي يستخدم بكثرة لمحاذاة التسلسلات المتعددة، و أحدث إصدار له هو 2.1، [1] و هناك اختلافان رئيسيان في هذا البرنامج فيما يتعلق بالواجهة:

  • كلوستال دبليو (ClustalW) :الواجهة تعتمد على كتابة الأوامر.
  • كلوستال اكس (ClustalX) : واجهة المستخدم لهذا الإصدار رسومية، [2] ويمكن استخدامه في أنظمة تشغيل مختلفة مثل ويندوز وماك OS و يونيكس/لينكس.

هذا البرنامج متوفرعلى الصفحة الرئيسية لكلوستال أو ملقم ftb g لمعهد الأوربي لعلم تقنيات المعلومات الحيوي .

محتويات

معلوماتعدل

الموقع يستخدم في التطبيقات الحاسوبية (bioinformatics) بحيث اذا كنت تمتلك العديد من السلاسل الجينيه التي تحتوي على مواقع متداخله في ما بينها يقزم بتحديد المناطق المتشابه بين العديد من السلاسل الجينيه. تم انشاء هذا الموقع عام 1992 وتم تطوير هذا الموقع في عام 1994 وهو من أكثر المواقع المستخدمة في ترتيب العديد من السلاسل الجينيه وذلك لأنه سريع ودقيق بشكل عام بما فيه الكفاية.

الإدخال و الإخراجعدل

يقبل هذا البرنامج صيغ إدخال مختلفة تشمل NBRF/PIR و فاستا و EMBL/Swissprotو EMBL/Swissprot و كلوستال و GCC/MSF و GCG9 RSF و GDE.

أما صيغ الإخراج فقد تشمل و احدة أو أكثر من الصيغ التالية: كلوستال أو NBRF/PIR أو GCG/MSF أو PHYLIP أو GDE أو NEXUS.

محاذاة التسلسل المتعددعدل

هناك ثلاث خطوات رئيسية :

  1. إنشاء محاذة عشوائية
  2. إنشاء شجرة شجرة المَحْتِد أو ماتعرف بشجرة التطور (أو استخدام شجرة عرّفها المستخدم)
  3. استخدام شجرة التطور لإكمال سلسة المحاذاة

كل ما ذكر يتم تلقائياً بمجرد اختيارك ل"إنشاء محاذاة كاملة". هناك خيارات أخرى و هي "إنشاء محاذاة من شجرة الدليل" و " إنشاء شجرة دليل فقط".

الإعدادعدل

يستطيع المستخدمون محاذاة التسلسلات باستخدام الإعداد الافتراضي و لكن قد يكون من المفيد أحياناً تخصيص مدخلات المستخدم، والمدخلات الأساسية هي توسيع المسافة و تمديدها.

انظر أيضاًعدل

  • برمجيات محاذاة التسلسل
  • تي بن (T-Coffee)
  • محاذاة إم (Align-m)
  • دياليجن تي( DIALIGN-T)
  • دياليجن تي اكس(DIALIGN-TX)
  • جاليجنير(JAligner)
  • مافت (MAFFT)
  • مافيد(MAVID)
  • ماسل (MUSCLE)
  • بروبكونس(ProbCons)

المراجععدل

  1. ^ Larkin MA, Blackshields G, Brown NP, Chenna R, McGettigan PA, McWilliam H, Valentin F, Wallace IM, Wilm A, Lopez R, Thompson JD, Gibson TJ, Higgins DG (2007). "ClustalW and ClustalX version 2". Bioinformatics. 23 (21): 2947–2948. PMID 17846036. doi:10.1093/bioinformatics/btm404. 
  2. ^ Thompson JD, Gibson TJ, Plewniak F, Jeanmougin F, Higgins DG (1997). "The CLUSTAL_X windows interface: flexible strategies for multiple sequence alignment aided by quality analysis tools". Nucleic Acids Research. 25 (24): 4876–4882. PMC 147148 . PMID 9396791. doi:10.1093/nar/25.24.4876. 

وصلات خارجيةعدل