قاعدة بيانات توجهات البروتينات في الأغشية

قاعدة بيانات توجهات البروتينات في الأغشية (بالإنجليزية: Orientations of Proteins in Membranes database)‏ (مختصرها: OPM) هي قاعدة بيانات توفر الحالات الحيزية للبروتين الغشائية وبنية البروتينات مع مراعاة الدهن ثنائي الطبقة.[1][2][3][4]

Orientations of Proteins in Membranes
(OPM)
توجهات البروتينات في الأغشية
الشعار
معلومات عامة
نوع الموقع
تاريخ الإطلاق
2005
الوضع الحالي
الإصدار: 2.0، منسق
المنظومة الاقتصادية
المقر الرئيسي

تحسب حالات البروتين بواسطة نموذج الانذياب الضمني للدهن ثنائي الطبقة[4][5][6][7][8][9][10] ويتم التحقق من نتائج الحسابات مقارنة بالدراسات التجريبية من الترتيب الحيزي في البروتينات عبر الغشائية والبروتينات الغشائية المحيطية في الأغشية.[11][12]

تؤخذ هياكل البروتينات من بنك بيانات البروتين. توفر قاعدة بيانات توجهات البروتينات في الأغشية أيضاً التصنيف الهيكلي للبروتينات المرتبطة بالغشاء في أسر وأسر عليا وعلم فراغ الأغشية [الإنجليزية] والبناء الرباعي للبروتينات في حالة غشاء مرتبط ونوع الغشاء الحيوي المقصود لكل بروتين. يمكن تحميل الملفات المنسقة مع حدود الأغشية المحسوبة. الموقع يسمح مشاهدة صورة تركيبية الهياكل البروتينات خلال الأغشية مع طبقات الحدود بواسطة جمول (Jmol) وأم دي أل تشايم [الإنجليزية] (MDL Chime) ووبمول (WebMol).

كانت قاعدة البيانات تستخدم على نطاق واسع في الدراسات التجريبية والنظرية للبروتينات المرتبطة بالأغشية.[13][14][15][16] ومع ذلك، لا تضمن هياكل العديد من البروتينات المرتبطة بالأغشية في قاعدة البيانات إذا أنها لا يمكن توقعها حسابياً. هذا هو الحال عندما تكون جميع أجزاء البروتينات المرتكزة في الأغشية (مثلاً حينما يكون ألفا لولب مزدوج الألفة أو معرضة لأجزاء غير القطبية أو أجزاء أحماض امينية مدهنة [الإنجليزية]) مفقودة في الهياكل التجريبية.[4]

المصادر عدل

  1. ^ ST NetWatch: Protein Databases نسخة محفوظة 2 يونيو 2013 على موقع واي باك مشين.review of OPM in Signal Transduction NetWatch list from ساينس "نسخة مؤرشفة". مؤرشف من الأصل في 2013-06-02. اطلع عليه بتاريخ 2013-08-30.{{استشهاد ويب}}: صيانة الاستشهاد: BOT: original URL status unknown (link)
  2. ^ Lomize، Mikhail A.؛ Lomize، Andrei L؛ Pogozheva، Irina D.؛ Mosberg، Henry I. (2006). "OPM: Orientations of Proteins in Membranes database" (PDF). Bioinformatics. ج. 22 ع. 5: 623–625. DOI:10.1093/bioinformatics/btk023. PMID:16397007. مؤرشف من الأصل (PDF) في 2017-11-18.
  3. ^ Lomize، Andrei L؛ Pogozheva، Irina D.؛ Lomize، Mikhail A.؛ Mosberg، Henry I. (2006). "Positioning of proteins in membranes: A computational approach" (PDF). Protein Science. ج. 15 ع. 6: 1318–1333. DOI:10.1110/ps.062126106. PMC:2242528. PMID:16731967. مؤرشف من الأصل (PDF) في 2018-07-13. {{استشهاد بدورية محكمة}}: يحتوي الاستشهاد على وسيط غير معروف وفارغ: |unused_data= (مساعدة)
  4. ^ أ ب ت Lomize، Andrei L؛ Pogozheva، Irina D.؛ Lomize، Mikhail A.؛ Mosberg، Henry I. (2007). "The role of hydrophobic interactions in positioning of peripheral proteins in membranes" (PDF). BMC Structural Biology. ج. 7 ع. 44: 44. DOI:10.1186/1472-6807-7-44. PMC:1934363. PMID:17603894. مؤرشف من الأصل (PDF) في 2018-07-13.{{استشهاد بدورية محكمة}}: صيانة الاستشهاد: دوي مجاني غير معلم (link)
  5. ^ Malmberg، Nathan J.؛ Falke، Joseph J. (2005). "Use of EPR power saturation to analyze the membrane-docking geometries of peripheral proteins: applications to C2 domains". Annu Rev Biophys Biomol Struct. ج. 34: 71–90. DOI:10.1146/annurev.biophys.34.040204.144534. PMID:15869384.
  6. ^ Spencer، Andrew G.؛ Thuresson، Elizabeth؛ Otto، James C.؛ Song، Inseok؛ Smith، Tim؛ DeWitt، David L.؛ Garavito، R. Michael؛ Smith، William L. (1999). "The membrane binding domains of prostaglandin endoperoxide H synthases 1 and 2. Peptide mapping and mutational analysis". J Biol Chem. ج. 274 ع. 46: 32936–32942. DOI:10.1074/jbc.274.46.32936. PMID:10551860.{{استشهاد بدورية محكمة}}: صيانة الاستشهاد: دوي مجاني غير معلم (link)
  7. ^ Kutateladze، Tatiana؛ Overduin، Michael (2001). "Structural Mechanism of Endosome Docking by the FYVE Domain". ساينس. ج. 291 ع. 5509: 1793–1796. DOI:10.1126/science.291.5509.1793. PMID:11230696.
  8. ^ Lathrop، Brian؛ Gadd، Martha؛ Biltonen، Rodney L.؛ Rule، Gordon S. (2001). "Changes in Ca2+ affinity upon activation of Agkistrodon piscivorus piscivorus phospholipase A2". Biochemistry. ج. 40 ع. 11: 3264–3272. DOI:10.1021/bi001901n. PMID:11258945.
  9. ^ Tatulian، Suren A.؛ Qin، Shan؛ Pande، Abhay H.؛ He، Xiaomei (2005). "Positioning membrane proteins by novel protein engineering and biophysical approaches". J Mol Biol. ج. 351 ع. 5: 939–947. DOI:10.1016/j.jmb.2005.06.080. PMID:16055150.
  10. ^ Hristova، Kalina؛ Wimley، William C.؛ Mishra، Vinod K.؛ Anantharamiah، G.M.؛ Segrest، Jere P.؛ White، Stephen H. (2 July-1999). "An amphipathic α-helix at a membrane interface: a structural study using a novel X-ray diffraction method". J Mol Biol. ج. 290 ع. 1: 99–117. DOI:10.1006/jmbi.1999.2840. PMID:10388560. {{استشهاد بدورية محكمة}}: تحقق من التاريخ في: |تاريخ= (مساعدة)
  11. ^ Lomize، AL؛ Pogozheva، ID؛ Mosberg، HI (2011). "Anisotropic solvent model of the lipid bilayer. 1. Parameterization of long-range electrostatics and first solvation shell effects". Journal of chemical information and modeling. ج. 51 ع. 4: 918–929. DOI:10.1021/ci2000192. PMC:3089899. PMID:21438609.
  12. ^ Lomize، AL؛ Pogozheva، ID؛ Mosberg، HI (2011). "Anisotropic solvent model of the lipid bilayer. 2. Energetics of insertion of small molecules, peptides, and proteins in membranes". Journal of chemical information and modeling. ج. 51 ع. 4: 930–946. DOI:10.1021/ci200020k. PMC:3091260. PMID:21438606.
  13. ^ Marsh، Derek؛ Jost، Micha؛ Peggion، Cristina؛ Toniolo، Claudio (2007). "TOAC spin labels in the backbone of alamethicin: EPR studies in lipid membranes". Biophys. J. ج. 92 ع. 2: 473–481. DOI:10.1529/biophysj.106.092775. PMC:1751395. PMID:17056731. مؤرشف من الأصل في 2019-09-13.
  14. ^ Punta، Marco؛ Forrest، Lucy R.؛ Bigelow، Henry؛ Kernytsky، Andrew؛ Liu، Jinfeng؛ Rost، Burkhard (2007). "Membrane protein prediction methods". Methods. ج. 41 ع. 4: 460–474. DOI:10.1016/j.ymeth.2006.07.026. PMC:1934899. PMID:17367718.
  15. ^ Cherezov، V؛ Yamashita، E؛ Liu، W؛ Zhalnina، M؛ Cramer، WA؛ Caffrey، M (8 December-2006). "In Meso Structure of the Cobalamin Transporter, BtuB, at 1.95 Ångstrom Resolution". J. Mol. Biol. ج. 364 ع. 4: 716–734. DOI:10.1016/j.jmb.2006.09.022. PMC:1808586. PMID:17028020. {{استشهاد بدورية محكمة}}: تحقق من التاريخ في: |تاريخ= (مساعدة)
  16. ^ Páli، Tibor؛ Bashtovyy، Denys؛ Marsh، Derek (2006). "Stoichiometry of lipid interactions with transmembrane proteins - Deduced from the 3D structures". Protein Sci. ج. 15 ع. 5: 1153–1161. DOI:10.1110/ps.052021406. PMC:2242517. PMID:16641489.