تي-كوفي

تي-كوفي T-coffee (بالإنجليزية: Tree-based Consistency Objective Function For alignment Evaluation)‏ هو مجموعة من الأدوات للحوسبة تتيح مقارنة عدة سلاسل بيولوجية؛ مثل: (بروتينات,DNA,RNA). يتم استخدامه لتحديد الاماكن المهمة في السلسلة ومناطق المحاذاة، ولإيجاد الاحماض الامينية التي لا تسمح بحدوث الطفرات، لديه ميزات متقدمة لتقييم نوعية المقارنة و القدرة على تحديد حدوث (motifs(Mocca,و كل ذلك يتم بتحديد السلسلة اولا من برمجية FASTA و هي الأكثر استخداماً. وهناك خاصية هامة يوفرها وهي قدرته على الجمع بين أساليب مختلفة وأنواع البيانات المختلفة. له العديد من التطبيقات : Expresso and 3D-Coffee, R-Coffee , M-coffee, Pro-coffee و غيرها.

T-Coffee
معلومات عامة
نوع
نظام التشغيل
النموذج المصدري
المطورون
Cédric Notredame, Centro de Regulacio Genomica (CRG) - Barcelona
موقع الويب
معلومات تقنية
لغة البرمجة
التوثيق
الإصدار التجريبي
11.00.d27cadf
الإصدار الأخير
المستودع
الرخصة

كيفية الاستخدامعدل

نقوم بفتح البرنامج واختيار نوع التطبيق المطلوب وبعدها نقوم بوضع السلاسل البيولوجية التي نود مقارنتها.

كيفية معاينة النتيجة

النتيجة ستظهر السلاسل البيولوجية بألوان تحدد مناطق المحاذاة، شدة التطابق بينها يتم معيانتها حسب الالوان

BAD : بنفسجي-اخضر

AVG : اصفر

GOOD : احمر

المرجععدل

  1. أ ب ت وصلة مرجع: http://www.tcoffee.org/Projects/tcoffee/. الوصول: 17 نوفمبر 2017.
  2. ^ وصلة مرجع: https://github.com/cbcrg/tcoffee. الوصول: 18 سبتمبر 2019.
  3. ^ "Release 12.00"، 11 ديسمبر 2018، اطلع عليه بتاريخ 1 فبراير 2019. {{استشهاد ويب}}: تحقق من التاريخ في: |access-date= و|date= (مساعدة)

http://www.tcoffee.org/