لُقِبَ بالصادق لأنه لم يُعرف عنه الكذب، ويعتبر الإمام السادس لدى [[شيعة اثنا عشرية|الشيعة الإثنا عشرية]] و[[إسماعيلية|الإسماعيلية]]، وينسب إليه انتشار مدرستهم الفقهية والكلامية.<ref name="Britannica">"Ja'far ibn Muhammad." Encyclopædia Britannica. 2007. Encyclopædia Britannica Online.</ref> ولذلك تُسمّى الشيعة الإمامية ب[[الجعفريون|الجعفرية]] أيضاً، بينما يرى [[أهل السنة والجماعة]] أن علم الإمام جعفر ومدرسته أساسٌ لكل طوائف المسلمين دون القول بإمامته بنصٍ من الله، وروى عنه كثير من كتَّاب الحديث السنة والشيعة على حدٍ سواء، وقد استطاع أن يؤسس في عصره مدرسة فقهية، فتتلمذ على يده العديد من العلماء. ومن الجدير بالذِكر أن جعفر الصادق يُعتبر واحداً من أكثر الشخصيات تبجيلاً عند أتباع [[نقشبندية|الطريقة النقشبندية]]، وهي إحدى الطرق الصوفيَّة السنيَّة.<ref>[http://www.naksibendi.org/grandshaykhs.html السلسة الذهبيَّة عند النقشبنديَّة] {{Webarchive|url=https://web.archive.org/web/20170806192119/http://www.naksibendi.org/grandshaykhs.html |date=06 أغسطس 2017}}</ref>
يقال أنه من أوائل الرواد في [[الخيمياء والكيمياء في عصر الحضارة الإسلامية|علم الكيمياء]] حيث تتلمذ على يديه أبو الكيمياء [[جابر بن حيان]] ،وهذا كان تعليم منه لجابر للمبادئ الأساسية للعلم مثلما فعل جده علي عنما علم النحو لأبي الأسود الدؤلي، ويرى بعض الباحثين السنة ان '''جعفر الصادق''' ألتقى ب[[خالد بن يزيد بن معاوية]] الأمير الاموي وأخذ عنه الكيمياء وقدوأنه قد تمت التعمية على هذه المعلومة من قبل بعض المؤرخين لاسباب سياسية وعقدية معروفة<ref>العرب وكيمياء الذهب (المثلّث الذهبي) (1-3)/ عدنان الظاهر د. عدنان الظاهر ، صحيفة المثقف 2013</ref><ref>محمد ابراهيم الصبحي في كتابه العلوم عند العرب بيروت 1977 ص 52/</ref><ref>''روائع الحضارة الإسلامية''، للدكتور علي عبد الله الدفاع.</ref><ref>''موسوعة العلماء الكيميائيين''، للدكتور موريس شربل.</ref> ,وهذا الكلام غريب لأنك اذا نظرت الى تاريخ ولادة جعفر (80 أو 83 أو 86 حسب المصدر) وتاريخ وفاة خالد بن بزيد (90) فيكون من الصعب أن يذهب جعفر وهو طفل من المدينة الى الشام ليأخذ الكيمياء, أضف أن هذا لم يذكره مصدر تاريخي من تلك الحقبة, ناهيك عن الخلاف بين أولاد الحسين مع والد خالد.
كذلك فقدقيل أنه كان [[علم الفلك في عصر الحضارة الإسلامية|عالم فلك]]، و[[علم الكلام|متكلماً]]، و[[أدب إسلامي|أديباً]]، [[فلسفة إسلامية|وفيلسوفاً]]، و[[الطب والصيدلة في عصر الحضارة الإسلامية|طبيباً]]، و[[العلم في عصر الحضارة الإسلامية|فيزيائياً]].<ref name="Glick2005">{{مرجع كتاب | الأخير1 = Glick | الأول1 = Thomas| الأخير2 = Eds | سنة = 2005 | عنوان = Medieval science, technology, and medicine : an encyclopedia| صفحات = 279| مسار=http://books.google.com/?id=SaJlbWK_-FcC&pg=PA279&vq=geber | الرقم المعياري = 0-415-96930-1| ناشر=Routledge| مكان = New York | postscript = <!--None-->}}</ref><ref name="Haq 1994 14–20">{{مرجع كتاب |الأخير=Haq |الأول=Syed N. |محرر= |عنوان=Names, Natures and Things |مسار= |إصدار= |سنة=1994 |ناشر=Boston Studies in the Philosophy of Science, Volume 158/ Kluwar Academic Publishers |مكان=Dordrecht, The Netherlands |الرقم المعياري=0-7923-3254-7 |صفحات=14–20 |اقتباس=}}</ref> ,وهذا يرد عليه أنه رغم أنه يعتقد الشيعة أنه عالم بكل هذه الفروع العلمية, لكن لم ينفل التاريخ أنه هو أو اباءه من الأئمة أو أولاده من الأئمة مارسوا علم الفلك أو الفلسفة أو الطب أو الفيزياء, ومن قال غير هذا فعليه الدليل من كتب التاريخ التي يعتد بها.
