توفي الشيخ أبو بكر الجزائري في فجر يوم الأربعاء [[4 ذو الحجة]] [[1439 هـ]] الموافق [[15 أغسطس]] [[2018]] عن عمر ناهز 97 عاماً، بعد صراع مع المرض و صليوصلي عليه صلاة الجنازة بعد ظهر يوم وفاته في المسجد النبوي الشريف، ووري جثمانه الثرى في مقبرة البقيع. وقبل عام من وفاته تعرض الشيخ لالتهاب رئوي حاد، نُقل على إثره إلى مستشفى الأمير محمد بن عبد العزيز للحرس الوطني بالمدينة لتلقي العلاج.<ref>[https://www.elkhabar.com/press/article/142123/%D9%88%D9%81%D8%A7%D8%A9-%D8%A7%D9%84%D8%B9%D9%84%D8%A7%D9%85%D8%A9-%D8%A3%D8%A8%D9%88-%D8%A8%D9%83%D8%B1-%D8%A7%D9%84%D8%AC%D8%B2%D8%A7%D8%A6%D8%B1%D9%8A/ وفاة العلامة أبو بكر الجزائري]</ref>
وقبل عام من وفاته تعرض الشيخ لالتهاب رئوي حاد، نُقل على إثره إلى مستشفى الأمير محمد بن عبد العزيز للحرس الوطني بالمدينة لتلقي العلاج .<ref>[https://www.elkhabar.com/press/article/142123/%D9%88%D9%81%D8%A7%D8%A9-%D8%A7%D9%84%D8%B9%D9%84%D8%A7%D9%85%D8%A9-%D8%A3%D8%A8%D9%88-%D8%A8%D9%83%D8%B1-%D8%A7%D9%84%D8%AC%D8%B2%D8%A7%D8%A6%D8%B1%D9%8A/ وفاة العلامة أبو بكر الجزائري]</ref>
