ويكيبيديا

مستخدم:آلاء زيتون/ملعب34

< مستخدم:آلاء زيتون

تحليل مكمل للبروتينات

عدل

ضمن مجال البيولوجيا الجزيئية، تحليل مكملة للبروتينات، أو PCA، هو طريقة لتحديد و الكم من التفاعلات البروتين البروتين. في PCA، ترتبط البروتينات ذات الأهمية ("الطعم" و "الفريسة") بأجزاء من البروتين الثالث (مثل إ إ ث مختصر إنزيم اختزال ثنائي، الذي يعمل كـ "مراسل"). التفاعل بين الطعم والبروتينات الفريسة يجلب شظايا البروتين مراسل على مقربة للسماح لهم لتشكيل البروتين مراسل وظيفية التي يمكن قياس النشاط. ويمكن تطبيق هذا المبدأ على العديد من البروتينات مراسل مختلفة، وهو أيضا الأساس لنظام الخميرة هجين اثنين، وهو مقايسة PCA شبه نمطية.

مقايسات البروتين المنقسم

عدل
 
المبدأ العام للبروتين تكملة المقايسة: يتم تقسيم البروتين إلى نصفين (N-و النهاية الكربونية) وإعادة تشكيلها من قبل اثنين من البروتينات التفاعل (هنا يسمى "الطعم" و "فريسة" لأنه يمكن استخدام بروتين الطعم للعثور على بروتين فريسة التفاعل). وينبغي أن يكون نشاط البروتين المعاد تشكيله قابلاً للكشف بسهولة، كما هو الحال في البروتين الفلوري الأخضر(GFP).

ويمكن استخدام أي بروتين يمكن تقسيمه إلى قسمين وإعادة تشكيله بشكل غير التكافؤ لتشكيل بروتين وظيفي في الأنيسول الخماسي الكلور. الاثنان أجزاء مهما يتلقّى تقارب منخفضة لبعضهم بعضا ويجب كنت جمعت بأخرى يتفاعل بروتينات يندمج إلى هم (غالبا يدعى "طعم" و "فريسة" بما أنّ الطعم بروتين يستطيع كنت استعملت أن يعيّن فريسة بروتين, يرى شكل). ويطلق على البروتين الذي ينتج قراءات يمكن اكتشافها "المراسل". وعادة ما تستخدم الإنزيمات التي تمنح مقاومة للحرمان من المغذيات أو المضادات الحيوية، مثل ثنائي هيدروفول اإرثال ثاني أكسيد اللاتف أو بيتا لاكتاماز على التوالي، أو البروتينات التي تعطي الإشارات لونية أو فلورية كمراسلين. عندما يتم إعادة تكوين البروتينات الفلورية يسمى انشطار ثنائي الجزيء مكملة الفلوريس. وقد استخدمت البروتينات التالية في بروتينات بروتينية انشطار الانقسام:

  • Gal4، عامل النسخ الخميرة (كما هو الحال في النظام الكلاسيكي الخميرة هجين اثنين)
  • بروتين مفلور أخضر(تقسيم-البروتين مفلور أخضر)، مثل EGFP (بروتين فلوري أخضر محسن)[5][6][7]
  • البروتين الفلوري تحت الأحمر معهد النفط الفرنسي، وهو مجال مُهندسة ملزم بالألوان (منطقة الأعمال المركزية) من بكتيريا من الدوّاد المشعّة Deinococcus [9]
  • لوسيفراز، [11][12] بما في ذلك وسيط اتصالات هاتفية بالجملة (إعادة الكومبيناز تعزيز ثنائي الجزيئات لوسيفراز)[13] وغاوسيا الأميريين لوسيفايز. [14]تشمل المنتجات التجارية التي تستخدم لوسيفراز نانولوك و منطقة الاعمال المركزية. [15]كما تم تطوير تعديل للتفاعلات المرتبطة بالقطر الدهون. [16]
  • القيمة الاقتصادية الإجمالية (بروتيس فيروس نقش التبغ) [17]
  • أوبيكيتين[18]

مراجع

عدل

بارك JH, العودة JH, HAHM SH, شيم HY, بارك MJ, كو SI, هان YS (أكتوبر 2007). 25-255 1555 1555 1555"يمكن استخدام استراتيجية تكتظّل تجزئة بيتا-lactamase البكتيرية كطريقة لتحديد أزواج البروتينات المتفاعلة". مجلة علم الأحياء الدقيقة والتكنولوجيا الحيوية. 17 (10): 1607–15. PMID 18156775.

ريمي الأول، غدار G، ميتشنك SW (2007). "باستخدام بيتا lactamase البروتين جزء مكملة مقايسة للتحقيق التفاعلات البروتين البروتينية الحيوية". بروتوكولات الطبيعة. 2 (9): 2302–6. doi:10.1038/nprot.2007.356. PMID 17853887.

تاراسوف K, ميسييه الخامس, لاندري CR, رادينوفيتش S, سيرنا مولينا MM, العار الأول, ماليتسكايا Y, فوغل J, بوسى H, Michnick SW (يونيو 2008). "في خريطة الجسم الحي من الخميرة interactome البروتين " (PDF). العلوم. 320 (5882): 1465–70. Bibcode:2008Sci... 320-1465 ت. دوي:10.1126/science.1153878. PMID 18467557.

Ma Y, Nagamune T, Kawahara M (سبتمبر 2014). "انقسام الاتصال kinasion kinase لتفاعلات البروتين البروتين البروتين". مجلة الهندسة الكيميائية الحيوية. 90: 272–278. دوي:10.1016/j.bej.2014.06.022.

بارنارد E، تيمسون دي جي (2010). شاشات SPLIT-EGFP للكشف عن تفاعلات البروتين والبروتين في خلايا الخميرة الحية وإضفاء الطابع المحلي عليها. طرق في البيولوجيا الجزيئية. 638. ص 303-17. دوي: 10.1007/978-1-60761-611-5_23. ردمك 978-1-60761-610-8. PMID 20238279.

بلاكلي BD, تشابمان AM, ماكنوتون BR (أغسطس 2012). "تقسيم superpositive GFP إعادة تجميع هو طريقة سريعة وفعالة وقوية للكشف عن البروتين البروتين التفاعلات في vivo". الأنظمة الحيوية الجزيئية. 8 (8): 2036–40. doi: 10.1039/c2mb25130b. PMID 22692102.

Cabantous S, نغوين HB, Pedelacq JD, Koraïchi F, Chaudhary A, Ganguly K, لوكارد MA, فافر G, Terwilliger TC, والدو GS (أكتوبر 2013). "A جديد البروتين البروتين التفاعل الاستشعار على أساس الثلاثي انقسام-GFP الرابطة". تقارير علمية. 3: 2854. Bibcode:2013NatSR... 3E2854C. doi:10.1038/srep02854. PMC 3790201. PMID 24092409.

مارتيل دينار، ياماغاتا M، ديرينك TJ، فان S، كوا CG، إليسمان MH، سانس JR، تينغ AY (يوليو 2016). "a بيروكسيديز الفجل انقسام للكشف عن التفاعلات البروتينية بين الخلايا والتصور الحساسة من نقاط الاشتباك العصبي" (PDF). طبيعة التكنولوجيا الحيوية. 34 (7): 774–80. دوي:10.1038/nbt.3563. PMC 4942342. PMID 27240195.

تشيكاندا إي، سيفانيسان د، ميتشنك SW (يونيو 2014). "مراسل الأشعة تحت الحمراء للكشف عن ديناميات اصحامية من البروتين البروتين التفاعلات". أساليب الطبيعة. 11 (6): 641–4. دوي: 10.1038/nmeth.2934. PMID 24747815.

روسي F, تشارلتون CA, بلاو HM (أغسطس 1997). "رصد التفاعلات البروتين البروتين في الخلايا eukaryotic سليمة من قبل بيتا-غالاكتوسيداسي تكميل". وقائع الأكاديمية الوطنية للعلوم في الولايات المتحدة الأمريكية. 94 (16): 8405–10. Bibcode:1997PNAS... 94.8405R. doi:10.1073/pnas.94.16.8405. PMC 22934. PMID 9237989.

Cassonnet P, Rolloy C, Neveu G, Vidalain PO, Chantier T, بيليه J, جونز L, مولر M, Demeret C, G, Vuillier F, لوتو V, تانجي F, Favre M, جاكوب Y (نوفمبر 2011). "قياس تحليل تكملة لوسيفيراز للكشف عن مجمعات البروتين". أساليب الطبيعة. 8 (12): 990–2. دوي: 10.1038/nmeth.1773. PMID 22127214.

فوجيكاوا, Y. وآخرون (2014) تقسيم لوسيفيراز مكملة مقايسة للكشف عن التفاعلات البروتين البروتيني المنظم في بروتبلاستس الأرز في شكل واسع النطاق. الأرز 7:11

لي YC, رودوالد LW, هوبمان C, وونغ ET, Lebreton S, صفر P, Patek M, وانغ L, Wertman KF, Wahl GM (ديسمبر 2014). "منصة متعددة لتحليل التفاعلات البروتينية المنخفضة التقارب وعابرة في الخلايا الحية في الوقت الحقيقي ". تقارير الخلية. 9 (5): 1946–58. دوي: 10.1016/j.celrep.2014.10.058. PMC 4269221. PMID 25464845.

Neveu G, Cassonnet P, Vidalain PO, Rolloy C, Mendoza J, Jones L, Tangy F, Muller M, Demeret C, Tafforeau L, Lotteau V, Rabourdin-Combe C, Travé G, Dricot A, Hill DE, Vidal M, Favre M, Jacob Y (ديسمبر 2012). "التحليل المقارن للتفاعلات التي تستضيف الفيروس مع تحليل مكمل للبروتين عالي الإنتاجية للثدييات يستند إلى Gaussia princeps luciferase"." اساليب. 58 (4): 349–59. دوي:10.1016/j.ymeth.2012.07.029. PMC 3546263. PMID 22898364.

Binkowski B, Eggers C, ب ب, شوين M, سلاتر M, Machleidt T, Cong M, Wood K, Fan F (مايو 2016). "رصد التفاعلات البروتينية داخل الخلايا باستخدام NanoLuc® التكنولوجيا الثنائية (NanoBiTTM)" (PDF). (بروميغا)

كولهوف P, Werthebach M, فان دي فين A, بوشمان G, تشن L, Welte M, Stühler K, بيلر M (مارس 2017). "A Luciferase-جزء مكملة مقايسة للكشف عن البروتين البروتينات المرتبطة بالدهونة الدهون التفاعلات". الجزيئية والخلوية البروتيوميات. 16 (3): 329–345. دوي: 10.1074/mcp. M116.061499. PMC 5340998. PMID 27956707.

فير MC, Laage R, Bolz U, Fischer TM, Grünewald S, Scheek S, Bach A, Nave KA, Rossner MJ (ديسمبر 2006). "رصد ينظم البروتين البروتين التفاعلات باستخدام تقسيم TEV". أساليب الطبيعة. 3 (12): 985–93. دوي: 10.1038/nmeth967. PMID 17072307.

Dünkler A, Müller J, جونسون ن (2012). الكشف عن التفاعلات البروتينية مع مستشعر سبليت-أوبيكيتين. طرق في البيولوجيا الجزيئية. 786. ص 115-30. دوي: 10.1007/978-1-61779-292-2_7. رقم 978-1-61779-291-5. PMID 21938623

مزيد من القراءة

عدل

روشيت S, ديس G, Filteau M, Leducq JB, Dubé AK, لاندري CR (مارس 2015). "الجينوم على نطاق واسع البروتين البروتين التفاعل الفرز عن طريق تحليل تكملة البروتين جزء (PCA) في الخلايا الحية". مجلة التجارب المرئية (97). دوي: 10.3791/52255. PMC 4401175. PMID 25867901.

  1. ^ Park JH، Back JH، Hahm SH، Shim HY، Park MJ، Ko SI، Han YS (أكتوبر 2007). "Bacterial beta-lactamase fragmentation complementation strategy can be used as a method for identifying interacting protein pairs". Journal of Microbiology and Biotechnology. ج. 17 ع. 10: 1607–15. PMID:18156775.
  2. ^ Remy I، Ghaddar G، Michnick SW (2007). "Using the beta-lactamase protein-fragment complementation assay to probe dynamic protein-protein interactions". Nature Protocols. ج. 2 ع. 9: 2302–6. DOI:10.1038/nprot.2007.356. PMID:17853887.
  3. ^ Tarassov K، Messier V، Landry CR، Radinovic S، Serna Molina MM، Shames I، Malitskaya Y، Vogel J، Bussey H، Michnick SW (يونيو 2008). "An in vivo map of the yeast protein interactome" (PDF). Science. ج. 320 ع. 5882: 1465–70. Bibcode:2008Sci...320.1465T. DOI:10.1126/science.1153878. PMID:18467557.
  4. ^ Ma، Yidan؛ Nagamune، Teruyuki؛ Kawahara، Masahiro (سبتمبر 2014). "Split focal adhesion kinase for probing protein–protein interactions". Biochemical Engineering Journal. ج. 90: 272–278. DOI:10.1016/j.bej.2014.06.022. {{استشهاد بدورية محكمة}}: الوسيط غير المعروف |name-list-format= تم تجاهله يقترح استخدام |name-list-style= (مساعدة)
  5. ^ Barnard E، Timson DJ (2010). Split-EGFP screens for the detection and localisation of protein-protein interactions in living yeast cells. Methods in Molecular Biology. ج. 638. ص. 303–17. DOI:10.1007/978-1-60761-611-5_23. ISBN:978-1-60761-610-8. PMID:20238279.
  6. ^ Blakeley BD، Chapman AM، McNaughton BR (أغسطس 2012). "Split-superpositive GFP reassembly is a fast, efficient, and robust method for detecting protein-protein interactions in vivo". Molecular BioSystems. ج. 8 ع. 8: 2036–40. DOI:10.1039/c2mb25130b. PMID:22692102.
  7. ^ Cabantous S، Nguyen HB، Pedelacq JD، Koraïchi F، Chaudhary A، Ganguly K، Lockard MA، Favre G، Terwilliger TC، Waldo GS (أكتوبر 2013). "A new protein-protein interaction sensor based on tripartite split-GFP association". Scientific Reports. ج. 3: 2854. Bibcode:2013NatSR...3E2854C. DOI:10.1038/srep02854. PMC:3790201. PMID:24092409.
  8. ^ Martell JD، Yamagata M، Deerinck TJ، Phan S، Kwa CG، Ellisman MH، Sanes JR، Ting AY (يوليو 2016). "A split horseradish peroxidase for the detection of intercellular protein-protein interactions and sensitive visualization of synapses" (PDF). Nature Biotechnology. ج. 34 ع. 7: 774–80. DOI:10.1038/nbt.3563. PMC:4942342. PMID:27240195.
  9. ^ Tchekanda E، Sivanesan D، Michnick SW (يونيو 2014). "An infrared reporter to detect spatiotemporal dynamics of protein-protein interactions". Nature Methods. ج. 11 ع. 6: 641–4. DOI:10.1038/nmeth.2934. PMID:24747815.
  10. ^ Rossi F، Charlton CA، Blau HM (أغسطس 1997). "Monitoring protein-protein interactions in intact eukaryotic cells by beta-galactosidase complementation". Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. ج. 94 ع. 16: 8405–10. Bibcode:1997PNAS...94.8405R. DOI:10.1073/pnas.94.16.8405. PMC:22934. PMID:9237989.
  11. ^ Cassonnet P، Rolloy C، Neveu G، Vidalain PO، Chantier T، Pellet J، Jones L، Muller M، Demeret C، Gaud G، Vuillier F، Lotteau V، Tangy F، Favre M، Jacob Y (نوفمبر 2011). "Benchmarking a luciferase complementation assay for detecting protein complexes". Nature Methods. ج. 8 ع. 12: 990–2. DOI:10.1038/nmeth.1773. PMID:22127214.
  12. ^ Fujikawa, Y. et al. (2014) Split luciferase complementation assay to detect regulated protein-protein interactions in rice protoplasts in a large-scale format. Rice 7:11
  13. ^ Li YC، Rodewald LW، Hoppmann C، Wong ET، Lebreton S، Safar P، Patek M، Wang L، Wertman KF، Wahl GM (ديسمبر 2014). "A versatile platform to analyze low-affinity and transient protein-protein interactions in living cells in real time". Cell Reports. ج. 9 ع. 5: 1946–58. DOI:10.1016/j.celrep.2014.10.058. PMC:4269221. PMID:25464845.
  14. ^ Neveu G، Cassonnet P، Vidalain PO، Rolloy C، Mendoza J، Jones L، Tangy F، Muller M، Demeret C، Tafforeau L، Lotteau V، Rabourdin-Combe C، Travé G، Dricot A، Hill DE، Vidal M، Favre M، Jacob Y (ديسمبر 2012). "Comparative analysis of virus-host interactomes with a mammalian high-throughput protein complementation assay based on Gaussia princeps luciferase". Methods. ج. 58 ع. 4: 349–59. DOI:10.1016/j.ymeth.2012.07.029. PMC:3546263. PMID:22898364.
  15. ^ Binkowski، Brock؛ Eggers، Christopher؛ Butler، Braeden؛ Schwinn، Marie؛ Slater، Michael؛ Machleidt، Thomas؛ Cong، Mei؛ Wood، Keith؛ Fan، Frank (مايو 2016). "Monitoring intracellular protein interactions using NanoLuc® Binary Technology (NanoBiTTM)" (PDF). Promega. {{استشهاد ويب}}: الوسيط غير المعروف |name-list-format= تم تجاهله يقترح استخدام |name-list-style= (مساعدة)
  16. ^ Kolkhof P، Werthebach M، van de Venn A، Poschmann G، Chen L، Welte M، Stühler K، Beller M (مارس 2017). "A Luciferase-fragment Complementation Assay to Detect Lipid Droplet-associated Protein-Protein Interactions". Molecular & Cellular Proteomics. ج. 16 ع. 3: 329–345. DOI:10.1074/mcp.M116.061499. PMC:5340998. PMID:27956707.{{استشهاد بدورية محكمة}}: صيانة الاستشهاد: دوي مجاني غير معلم (link)
  17. ^ Wehr MC، Laage R، Bolz U، Fischer TM، Grünewald S، Scheek S، Bach A، Nave KA، Rossner MJ (ديسمبر 2006). "Monitoring regulated protein-protein interactions using split TEV". Nature Methods. ج. 3 ع. 12: 985–93. DOI:10.1038/nmeth967. PMID:17072307.
  18. ^ Dünkler A، Müller J، Johnsson N (2012). Detecting protein-protein interactions with the Split-Ubiquitin sensor. Methods in Molecular Biology. ج. 786. ص. 115–30. DOI:10.1007/978-1-61779-292-2_7. ISBN:978-1-61779-291-5. PMID:21938623.
مجلوبة من «https://ar.wikipedia.org/w/index.php?title=مستخدم:آلاء_زيتون/ملعب34&oldid=63075604»