سلسلة الرنا: الفرق بين النسختين

[[ملف:Journal.pcbi.1004393.g002.png|300px|تصغير|يسار|نظرة عامة على خطوات سَلسَلة رنا نموذجية.<ref name="ReferenceA">{{citeاستشهاد journalبدورية محكمة | vauthorsعدة مؤلفين = Griffith M, Walker JR, Spies NC, Ainscough BJ, Griffith OL | titleعنوان = Informatics for RNA Sequencing: A Web Resource for Analysis on the Cloud | journalصحيفة = PLoS Computational Biology | volumeالمجلد = 11 | issueالعدد = 8 | pagesصفحات = e1004393 | dateتاريخ = August 2015 | pmid = 26248053 | doi = 10.1371/journal.pcbi.1004393 | pmc=4527835| bibcode = 2015PLSCB..11E4393G }}</ref>]]

'''سَلسَلة الرنا''' (بفتح السين) {{إنج|RNA-Seq}} وتسمى كذلك '''السَلسَلة العشوائية لكامل النسخوم''' {{إنج|whole transcriptome shotgun sequencing}}<ref name="morin2008">{{citeاستشهاد journalبدورية محكمة | vauthorsعدة مؤلفين = Morin R, Bainbridge M, Fejes A, Hirst M, Krzywinski M, Pugh T, McDonald H, Varhol R, Jones S, Marra M | display-authorsإظهار المؤلفين = 6 | titleعنوان = Profiling the HeLa S3 transcriptome using randomly primed cDNA and massively parallel short-read sequencing | journalصحيفة = BioTechniques | volumeالمجلد = 45 | issueالعدد = 1 | pagesصفحات = 81–94 | dateتاريخ = July 2008 | pmid = 18611170 | doi = 10.2144/000112900 | urlمسار = http://www.bcgsc.ca/about/pubann/biotechniques-publication-2008-44-8 |مسار أرشيف= https://web.archive.org/web/20190331204531/http://www.bcgsc.ca/about/pubann/biotechniques-publication-2008-44-8|تاريخ أرشيف=2019-03-31}}</ref> هي تقنية تستخدم [[تسلسل الحمض النووي#طرق فائقة الإنتاجية High-throughput methods|سَلسَلة عالية الإنتاج]] (سَلسَلة الجيل التالي) للكشف عن تواجد وكمية ال[[حمض نووي ريبوزي|رنا]] في عينة بيولوجية في لحظة معينة.<ref>{{citeاستشهاد journalبدورية محكمة | vauthorsعدة مؤلفين = Chu Y, Corey DR | titleعنوان = RNA sequencing: platform selection, experimental design, and data interpretation | journalصحيفة = Nucleic Acid Therapeutics | volumeالمجلد = 22 | issueالعدد = 4 | pagesصفحات = 271–4 | dateتاريخ = August 2012 | pmid = 22830413 | pmc = 3426205 | doi = 10.1089/nat.2012.0367 }}</ref><ref name="wang2009">{{citeاستشهاد journalبدورية محكمة | vauthorsعدة مؤلفين = Wang Z, Gerstein M, Snyder M | titleعنوان = RNA-Seq: a revolutionary tool for transcriptomics | journalصحيفة = Nature Reviews Genetics | volumeالمجلد = 10 | issueالعدد = 1 | pagesصفحات = 57–63 | dateتاريخ = January 2009 | pmid = 19015660 | pmc = 2949280 | doi = 10.1038/nrg2484 }}</ref><ref>{{استشهاد ويب |مسار= http://rnaseq.uoregon.edu/ |عنوان=RNA-seqlopedia |موقع=rnaseq.uoregon.edu |تاريخ الوصول=2017-02-08| مسار أرشيف = https://web.archive.org/web/20190612072401/https://rnaseq.uoregon.edu/ | تاريخ أرشيف = 12 يونيو 2019 }}</ref>

تُستخدم سَلسَلة الرنا في دراسة التغير المستمر لل[[ترنسكربيتوم|نسخوم]] الخلوي. وبشكل خاص، تسهِّل سَلسَلة الرنا القدرة على تحديد نُسَخِ الجين المضفرة [[وصل متبادل|بالتضفير البديل]]، [[معالجة الحمض النووي الريبوزي|تعديلات ما بعد النسخ]]، [[اندماج الجين]]، الطفرات/ [[تعدد أشكال النوكليوتيدات المفردة]] والتغيرات في التعبير الجيني مع مرور الوقت، أو الاختلافات في التعبير الجيني في مجموعات أو علاجات مختلفة.<ref name="maher2009">{{citeاستشهاد journalبدورية محكمة | vauthorsعدة مؤلفين = Maher CA, Kumar-Sinha C, Cao X, Kalyana-Sundaram S, Han B, Jing X, Sam L, Barrette T, Palanisamy N, Chinnaiyan AM | titleعنوان = Transcriptome sequencing to detect gene fusions in cancer | journalصحيفة = Nature | volumeالمجلد = 458 | issueالعدد = 7234 | pagesصفحات = 97–101 | dateتاريخ = March 2009 | pmid = 19136943 | pmc = 2725402 | doi = 10.1038/nature07638 | bibcode = 2009Natur.458...97M }}</ref> فضلا عن نسخ [[حمض نووي ريبوزي رسول|الرنا الرسول]]، يمكن لسَلسَلة الرنا البحث في مختلف أنواع الرنا بما في ذلك الرنا الصغير مثل [[حمض ريبوزي نووي ميكروي|الرنا الميكروي]] و[[حمض نووي ريبوزي ناقل|الرنا الناقل]] و[[حمض نووي ريبوزي ريبوسومي|الرنا الريبوسومي]].<ref>{{citeاستشهاد journalبدورية محكمة | vauthorsعدة مؤلفين = Ingolia NT, Brar GA, Rouskin S, McGeachy AM, Weissman JS | titleعنوان = The ribosome profiling strategy for monitoring translation in vivo by deep sequencing of ribosome-protected mRNA fragments | journalصحيفة = Nature Protocols | volumeالمجلد = 7 | issueالعدد = 8 | pagesصفحات = 1534–50 | dateتاريخ = July 2012 | pmid = 22836135 | pmc = 3535016 | doi = 10.1038/nprot.2012.086 }}</ref> يمكن كذلك استخدام سَلسَلة الرنا لتحديد الحدود بين ال[[إكسون]]ات وال[[إنترون]]ات والتأكد من وتعديل حدود [[الاتجاهية (علم الأحياء الجزيئي)|النهاية 5']] و[[الاتجاهية (علم الأحياء الجزيئي)|النهاية 3']] الموضوعة سابقا للجينات. التقدمات الحديثة في سَلسَلة الرنا تشمل {{Interlanguage link multi|نسخوميات خلية مفردة|lt=سَلسَلة خلية مفردة|en|Single-cell transcriptomics}} والسَلسَلة الموضعية لنسيج مثبت.<ref>{{citeاستشهاد journalبدورية محكمة | vauthorsعدة مؤلفين = Lee JH, Daugharthy ER, Scheiman J, Kalhor R, Yang JL, Ferrante TC, Terry R, Jeanty SS, Li C, Amamoto R, Peters DT, Turczyk BM, Marblestone AH, Inverso SA, Bernard A, Mali P, Rios X, Aach J, Church GM | display-authorsإظهار المؤلفين = 6 | titleعنوان = Highly multiplexed subcellular RNA sequencing in situ | journalصحيفة = Science | volumeالمجلد = 343 | issueالعدد = 6177 | pagesصفحات = 1360–3 | dateتاريخ = March 2014 | pmid = 24578530 | pmc = 4140943 | doi = 10.1126/science.1250212 | bibcode = 2014Sci...343.1360L }}</ref>

قبل تطوير سَلسَلة الرنا، كانت دراسات التعبير الجيني تتم بواسطة التهجين المبني على [[مصفوفة دي إن إيه دقيقة|المصفوفات الدقيقة]]، ومن مشاكل المصفوفات الدقيقة: أخطاء التهجين التصالبي (cross-hybridization artifacts)، التكميم (تحديد الكمية) الضعيف للجينات المعبر عنها بقلة أو بكثرة، والحاجة إلى معرفة التسلسل [[بداهة واستدلال|مسبقا]].<ref>{{citeاستشهاد journalبدورية محكمة | vauthorsعدة مؤلفين = Kukurba KR, Montgomery SB | titleعنوان = RNA Sequencing and Analysis | journalصحيفة = Cold Spring Harbor Protocols | volumeالمجلد = 2015 | issueالعدد = 11 | pagesصفحات = 951–69 | dateتاريخ = April 2015 | pmid = 25870306 | pmc = 4863231 | doi = 10.1101/pdb.top084970 }}</ref> وبسبب هذه المشاكل التقنية، انتقلت النسخوميات إلى الطرق المبنية على تحديد التسلسل. وتطورت هذه الأخيرة من [[سلسلة سانغر|سَلسَلة سانغر]] لمكتبات [[تسلسل وسم معبر عنه|تسلسل الوسم المعبر عنه]] إلى طرق مبنية على وسوم كيميائية (مثل: التحليل التسلسلي للتعبير الجيني) وأخيرا إلى التقانة الحالية: سَلسَلة الجيل التالي أو السَلسَلة عالية الإنتاج للدنا المتمم (وبشكل أخص سَلسَلة الرنا).