ولِّي هذه المناصب القضائية الكبرى ما بين سنة 1919م وسنة 1928م، وفي هذا المناصب قام بعدة إصلاحات هامة، حيث أمر بتشكيل لجنة لتنظيم الأحوال الشخصية برئاسته، ووجَّه اللجنة إلى عدم التقيد بمذهب الإمام أبي حنيفة إذا وجد في غيره ما يُنَاسب المصلحة العامة للمجتمع، وكان القضاة قبل ذلك مقيدين بمذهب الإمام الأعظم أبي حنيفة، فجعلهم يقتبسون من المذاهب الأخرى ومن آراء المجتهدين بما يناسب الزمان والمكان، وبهذا استطاع أن يقوم بإصلاحات عديدة في محيط الأسرة الإسلامية، فأصدر في يوليو سنة 1920م قانون الأحوال الشخصية.
== مِحَنٌ واجهت الشيخ الإمام المراغي==
كان الشيخ '''الإمام المراغي''' مستمسكًا بالحق، حريصًا على الأمانة والصدق، وقد تعرض في هذا لِمِحَنٍ عديدة كادت تكلفه حياته وتغلب عليها، ومنها: أن قضية هامة عرضت عليه وهو رئيس للمحكمة الشرعية العليا، فلوَّح له بعض أصحاب النفوذ بأن الحُكمَ يجب أن يصدر لصالح فَردٍ مُعينٍ على أن تكون المكافأة على ذلك مبلغًا ضخمًا من المال يسيل له اللعاب، فرفض في شمم وإباء، فعمل أصحاب الشأن على منعه من نظر القضية فاستأجروا من يقتله، فتربص له المجرم وألقى عليه ماء النار، ولطف الله بالشيخ الإمام فأصابت -ماء النار- عنقه وأجزاء من جسمه ولم تصب منه مقتلا.
ووصف الشيخ الإمام هذا الشخص الذي تعدَّى عليه وصفًا دقيقًا، فتم القبض عليه، وعلى من حرَّضاه على القتل، وحُكِمَ على المتهمين الثلاثة بالسجن أربع سنوات وبألفي جنيه تعويض، وقد اشتهرت هذه القضية باسم، قضية هنري سكاكيني.
ومن المحن التي تعرض لها ولقي ربه على أثرها، ما حدث له سنة 1945م فقد طَلَّق الملك فاروق زوجته الأولى الملكة فريدة، وأراد أن يُحرِّم عليها الزواج بعده، فأرسل إلى الشيخ يطلب منه فتوى تؤيد رغبته فرفض، فأرسل إليه الرسل يُلحون عليه - وكان الشيخ يُعالَج بمستشفى المواساة بالإسكندرية- فرفض الاستجابة، وضاق الملك ذرعًا بإصراره على الرفض، فذهب الملك فاروق إليه في المستشفى مُحتدًّا، فقال له الشيخ عبارته الخالدة: أما الطلاق فلا أرضاه، وأما التَّحريم فلا أملكه، وطال الجدال وصاح '''المراغي''' بأعلى صوته قائلا: إنَّ '''المراغي''' لا يستطيع أن يُحرِّم ما أحل الله.
وعلى أثر هذه المقابلة الصاخبة وما حدث فيها انتكست صحة الشيخ، ولم يلبث إلا قليلا حتى لقي ربه راضيًا مَرْضِيًّا.
