كان الطبري من أكثر علماء عصره نشاطا في التأليف، أشهر مؤلفاته تفسيره المعروف ب[[تفسير الطبريٍالطبري]] وكتاب [[تاريخ الأمم والملوك]] ويسمي '''تاريخ الطبري''' قال أبو محمد [[الفرغاني (توضيح)|الفرغاني]] تم من كتب محمد بن جرير كتاب التفسير الذي لو ادعى عالم أن يصنف منه عشرة كتب كل كتاب يحتوي على علم مفرد مستقصى لفعل وتم من كتبه كتاب ا[[لتاريخ]] إلى عصره وتم أيضا كتاب تاريخ الرجال من [[صحابة|الصحابة]] و[[تابعون|التابعين]] وإلى شيوخه الذين لقيهم وتم له كتاب لطيف القول في أحكام شرائع [[إسلام|الإسلام]] وهو مذهبه الذي اختاره وجوده واحتج له وهو ثلاثة وثمانون كتابا وتم له [[كتاب القراءات]] و[[التنزيل]] والعدد وتم له كتاب اختلاف علماء الأمصار وتم له كتاب الخفيف في أحكام شرائع الإسلام وهو مختصر لطيف وتم له كتاب التبصير وابتدأ بتصنيف كتاب تهذيب الآثار ومات قبل تمامه.