في [[25 سبتمبر]] [[1997]] استهدفه [[الموساد]] [[إسرائيل|الإسرائيلي]] محاولاً اغتياله بتوجيهات مباشرة من رئيس الوزراء [[إسرائيل|الإسرائيلي]] [[بنيامين نتنياهو]] والجهاز الأمني الإسرائيلي التابع لرئيس الوزراء. فقد دخل 10 عناصر من جهاز [[الموساد]] إلى [[الأردن]] بجوازات سفر [[كندا|كندية]] مزورة، وكان خالد مشعل حاملًا للجنسية الأردنية مقيماً آنذاك وحقن بمادة سامة أثناء سيره في [[شارع وصفي التل]] في [[عمان (مدينة)|عمّان]]. اكتشفت السلطات [[الأردن]]ية محاولة [[اغتيال|محاولة الاغتيال]] وألقت القبض على اثنين من عناصر [[الموساد]] المتورطين في عملية [[اغتيال|الاغتيال]] عن طريق السائق المرافق لمشعل، وطلب [[قائمة ملوك الأردن|ملك [[الأردن]] الراحل الملك [[الحسين بن طلال]] من [[رئيس وزراء إسرائيل|رئيس الوزراء الإسرائيلي]] [[مضاد السم|المصل المضاد]] للمادة السامة التي حقن بها خالد مشعل، فرفض [[بنيامين نتنياهو|نتنياهو]] مطلب [[الملك حسين]] في بادئ الأمر، فأخذت محاولة [[اغتيال|اغتياله]] بعداً سياسياً، فتدخل [[رئيس الولايات المتحدة|الرئيس الأمريكي]] [[بيل كلينتون]] وأرغم [[بنيامين نتنياهو|نتنياهو]] على تقديم المصل المضاد للسم المستعمل. رضخ [[بنيامين نتنياهو|نتنياهو]] لضغوط [[بيل كلينتون|كلينتون]] في النهاية وقام بتسليم المصل المضاد. وصف الرئيس [[ولايات متحدة|الأمريكي]] [[بيل كلينتون]] رئيس الوزراء [[إسرائيل|الإسرائيلي]] بالكلمات التالية: «لا أستطيع التعامل مع هذا الرجل، إنه مستحيل».
قامت السلطات [[الأردن]]ية فيما بعد بإطلاق سراح عملاء [[الموساد]] مقابل إطلاق سراح الشيخ [[أحمد ياسين]] المحكوم بالسجون [[إسرائيلسجن مؤبد|الإسرائيليةبالسجن مدى الحياة]] في السجون الإسرائيلية مدى الحياة.
