تحوي الأمعاء الدقيقة على كمية قليلة جدًا من المكروبات نظرًا إلى قربها من المعدة وتأثيرها عليها. إن الجراثيم المكورة إيجابية غرام والجراثيم عصوية الشكل هي [[ميكروب|الميكروبات]] المسيطرة الموجودة في الأمعاء الدقيقة. على كل حال، تهيئ الظروف القلوية في الجزء القاصي من الأمعاء الدقيقة وجود جراثيم سلبية غرام من فصيلة [[أمعائيات|الأمعائيات]]. يساعد النبيت الجرثومي المعوي في العديد من الوظائف المعوية. يؤمن النبيت الجرثومي المعوي إشارات تنظيمية تسمح بتطور الأمعاء واستخدامها. قد يؤدي فرط نمو الجرثومي في الأمعاء الدقيقة إلى حدوث قصور معوي. بالإضافة إلى ذلك، تحوي الأمعاء الغليظة أكبر نظام بيئي جرثومي في جسم الإنسان. يتكوّن 99% من النبيت في الأمعاء الغليظة والبراز من جراثيم غير هوائية مُجبَرة مثل العصوانيات والشقّاء (جنس جراثيم من فصيلة الشعِّيّات).<ref>{{استشهاد بكتاب|doi=10.1039/9781847557940|عنوان=Food Microbiology|سنة=2007|isbn=978-0-85404-284-5|الأخير1=Adams|الأول1=M. R.|الأخير2=Moss|الأول2=M. O.}}</ref> تتضمن العوامل التي تخرّب النبيت الجرثومي للأمعاء الدقيقة المضادات الحيوية، والإجهاد (الشدة)، والطفيليات.<ref name="Prescotts" />
تشكل الجراثيم معظم النبيت الميكروبي في [[قولون|القولون]]<ref name="University of Glasgow">University of Glasgow. 2005. [https://web.archive.org/web/20040526195616/http://www.gla.ac.uk/departments/humannutrition/students/resources/meden/Infection.pdf The normal gut flora.] Available through web archive. Accessed May 22, 2008 {{Webarchive|url=https://web.archive.org/web/20200520043528/https://web.archive.org/web/20040526195616/http://www.gla.ac.uk/departments/humannutrition/students/resources/meden/Infection.pdf |date=20 مايو 2020}}</ref> و60% من الكتلة الجافة للبراز.<ref name="Guarner and Malagelada 2003b">{{citeاستشهاد journalبدورية محكمة|doi=10.1016/S0140-6736(03)12489-0|titleعنوان=Gut flora in health and disease|yearسنة=2003|last1الأخير1=Guarner|first1الأول1=F|last2الأخير2=Malagelada|first2الأول2=J|journalصحيفة=The Lancet|volumeالمجلد=361|issueالعدد=9356|pagesصفحات=512–19|pmid=12583961}}</ref> هذا يجعل البراز مصدرًا مثاليًا للنبيت المعوي من أجل أي اختبارات أو تجارب، وذلك من خلال استخراج الحمض النووي من عينات [[براز|البراز]]، وتتولّد سلاسل مورثات الرنا 16S rRNA مع بداية الوجود الجرثومي. غالبًا ما يكون هذا النوع من الاختبارات مفضلًا على التقنيات الأكثر غزوًا مثل الخزعات. يعيش في الأمعاء ما بين 300 و1000 نوعًا مختلفًا،<ref name="Sears">{{citeاستشهاد journalبدورية محكمة|doi=10.1016/j.anaerobe.2005.05.001|titleعنوان=A dynamic partnership: Celebrating our gut flora|yearسنة=2005|last1الأخير1=Sears|first1الأول1=Cynthia L.|journalصحيفة=Anaerobe|volumeالمجلد=11|issueالعدد=5|pagesصفحات=247–51|pmid=16701579}}</ref> وعند معظم الأشخاص يكون العدد نحو 500.<ref name="Steinhoff">{{citeاستشهاد journalبدورية محكمة|doi=10.1016/j.imlet.2004.12.013|titleعنوان=Who controls the crowd? New findings and old questions about the intestinal microflora|yearسنة=2005|last1الأخير1=Steinhoff|first1الأول1=U|journalصحيفة=Immunology Letters|volumeالمجلد=99|pagesصفحات=12–16|pmid=15894105|issueالعدد=1}}</ref><ref name="gibson">{{citeاستشهاد journalبدورية محكمة|doi=10.1016/j.clnu.2004.09.005|titleعنوان=Fibre and effects on probiotics (the prebiotic concept)|journalصحيفة=Clinical Nutrition Supplements|volumeالمجلد=1|issueالعدد=2|pagesصفحات=25–31|yearسنة=2004|last1الأخير1=Gibson|first1الأول1=Glenn R}}</ref> على كل حال، من المحتمل أن 99% من الجراثيم تنتمي إلى نحو 30 أو 40 نوعًا، وتكون الجرثومة البرازية البراوسناتية أكثر الأنواع شيوعًا لدى البالغين الأصحاء.<ref>{{citeاستشهاد journalبدورية محكمة|doi=10.1016/j.mib.2013.06.003|last4الأخير4=Bermúdez-Humarán|last9=Langella|first8=JM|last8=Wells|first7=M|last7=Thomas|first6=H|last6=Sokol|first5الأول5=JM|last5الأخير5=Chatel|first4الأول4=LG|first3الأول3=O|pmid=23831042|last3الأخير3=Rossi|first2الأول2=R|last2الأخير2=Martín|first1الأول1=S|last1الأخير1=Miquel|yearسنة=2013|pagesصفحات=255–61|issueالعدد=3|volumeالمجلد=16|journalصحيفة=Current Opinion in Microbiology|titleعنوان=Faecalibacterium prausnitzii and human intestinal health|first9=P}}</ref> تشكل الفطور والطلائعيات (الكائنات وحيدة الخلية) أيضًا جزءًا من النبيت المعوي، لكن المعروف حول نشاطاتها ما يزال قليلًا.<ref name="Nash et al 2017">{{citeاستشهاد journalبدورية محكمة|doi=10.1186/s40168-017-0373-4|last5الأخير5=Gesell|last12=Petrosino|first11=Nadim J|last11=Ajami|first10=Richard A|last10=Gibbs|first9=Donna M|last9=Muzny|first8=Ginger A|last8=Metcalf|first7=Christopher J|last7=Stewart|first6=Matthew C|last6=Ross|first5الأول5=Jonathan R|first4الأول4=Daniel P|pmid=29178920|last4الأخير4=Smith|first3الأول3=Matthew C|last3الأخير3=Wong|first2الأول2=Thomas A|last2الأخير2=Auchtung|first1الأول1=Andrea K|last1الأخير1=Nash|yearسنة=2017|pagesصفحات=153|issueالعدد=1|volumeالمجلد=5|journalصحيفة=Microbiome|titleعنوان=The gut mycobiome of the Human Microbiome Project healthy cohort|pmc=5702186|first12=Joseph F}}</ref> يكون الفيروم (مجموعة الحموض النووية الميكروبية في نظام بيئي معين) بمعظمه من العاثيات.<ref name="ScarpelliniIaniro2015">{{citeاستشهاد journalبدورية محكمة|doi=10.1016/j.dld.2015.07.008|first2الأول2=Gianluca|last6=Gasbarrini|first5الأول5=Adriano|last5الأخير5=De Santis|first4الأول4=Chiara|last4الأخير4=Bassanelli|first3الأول3=Fabia|last3الأخير3=Attili|last2الأخير2=Ianiro|pmid=26257129|first1الأول1=Emidio|last1الأخير1=Scarpellini|yearسنة=2015|pagesصفحات=1007–12|issueالعدد=12|volumeالمجلد=47|journalصحيفة=Digestive and Liver Disease|titleعنوان=The human gut microbiota and virome: Potential therapeutic implications|first6=Antonio}}</ref>
تقترح الأبحاث أن العلاقة بين النبيت المعوي والبشر ليست مجرد معايشة (وجود غير ضار للطرفين)، بل هي علاقة [[تقايض]] [[تكافل (أحياء)|وتكافل]].<ref name="Sears" /> رغم أن البشر قد يبقون على قيد الحياة دون النبيت المعوي، فإن ن الميكروبات تقوم بوظائف مفيدة، مثل تخمير ركائز الطاقة غير المستخدمة والأسيتات، وتدريب الجهاز المناعي من خلال مركبات نهائية مثل البروبيونات والأسيتات، ومنع نمو أنواع ضارة، وتنظيم تطور الأمعاء، وإنتاج فيتامينات مفيدة للمضيف (مثل البيوتين والفيتامين ك)، وإنتاج هرمونات من أجل توجيه المضيف نحو تخزين الدهون. يرتبط التعديل الشامل واختلال توازن النبيت المعوي أو تشكيلة المورثات بحدوث البدانة.<ref>{{citeاستشهاد journalبدورية محكمة|doi=10.1097/MOG.0b013e328333d751|pmid=19901833|titleعنوان=Obesity and the human microbiome|journalصحيفة=Current Opinion in Gastroenterology|volumeالمجلد=26|issueالعدد=1|pagesصفحات=5–11|yearسنة=2010|last1الأخير1=Ley|first1الأول1=Ruth E}}</ref> ومع ذلك، في حالات معينة، يُعتقَد أن بعض الأنواع قادر على إحداث الأمراض من خلال إحداث الخمج أو زيادة خطر حدوث [[سرطان|السرطان]] لدى المضيف.<ref name="University of Glasgow" />
== فوائدها للإنسان وعملها ==
سطر 25:
ويوجد في الأمعاء الغليظة عدد كبير منها أكبر مما اتحتويه منها الأمعاء الدقيقة. تشترك الميكروبات الموجودة في الأمعاء الدقيقة في وقاية الجسم من الميكروبات المسببة للمرض، وهي تساعد في ذلك عمل [[جهاز مناعي|الجهاز المناعي]]. تمت تجارب للميكروبات على الفئران
الحرة وفئران المختبرات وهي تبين أن مختلف أنواع البكتيريا والأميبا تصبح مرضية في وجود جراثيم الأمعاء الغليظة، ولكن البعض الآخر من الفئران لم يتأثر بها أو تأثر بها قليلا.
<ref>L. Q. Vieira, M. R. Oliveira, E. Neumann, J. R. Nicoli, E. C. Vieira: ''[httphttps://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0100-879X1998000100013 Parasitic infections in germfree animals].'' In: ''Braz J Med Biol Res.'' Band 31(1), Januar 1998, S. 105–110. {{Webarchive|url=https://web.archive.org/web/20180225064837/http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0100-879X1998000100013 |date=25 فبراير 2018}}</ref>
استقرار حالة الأمعاء واختلاف أنواع ما يتناوله الفرد من الغذاء تسمح بتطور أنواع الميكروبات وأعدادها ونشاطها، فهي تشكل مجتمع وتشكيلة تخص الإنسان عائلها . جزء من غذاء الإنسان يعيش عليه النبيت الجرثومي المعوي وهي تمده بالطاقة. للنبيت الجرثومي المعوي عدة فوائد، مثل:
