أصدر الرئيس اسكندر ميرزا في عام 1958 قانونقانون الأحكام العرفية كجزء من انقلاب عسكري قام به قائد الجيش الباكستاني أيوب خان، لكن علاقات الرئيس ميرزا معمع القوات المسلحة الباكستانية تدهورت بعد أسبوعين تقريباً، ما دفع القائد العام للجيش أيوب خان إلى إقالة الرئيس ميرزا من منصبه ونفيه بالقوةبالقوة إلى المملكة المتحدة، وقد برر الجنرال أيوب خان ما فعله بعد ظهوره في الإذاعة الوطنية قائلاً: "إن القوات المسلحة والشعب يريدان قطع العلاقة بالماضي". استمرت الأحكام العرفية حتى عام 1962، وعمل المشير أيوب خان على إقالة السياسيين وموظفي الخدمة المدنية من الحكومة واستبدالهم بضباط عسكريين، ووصف أيوب نظامه بأنه "ثورة لتنظيف فوضى الفساد". أصبح أيوب خان رئيساًرئيساً لباكستان والرجل القوي في البلاد لمدة أحد عشر عاماً. استمرت الأحكام العرفية حتى عام 1962 عندما قامت حكومة المشير أيوب خان بتكليف هيئة دستورية لكتابة دستور جديد تحت إشراف رئيس القضاة في باكستان محمد شهاب الدين مع عشرة قضاة كبار، خمسة منهم من باكستان الشرقية وخمسة من باكستان الغربية، وفي 6 مايو 1961 أرسلت اللجنة مسودة الدستور إلى الرئيس أيوب خان الذي قام بفحص المسودة بدقة ومناقشتها مع حكومته. وافق مجلس الوزراء أخيراً على نص الدستور الجديد في يناير 1962، وأصدره الرئيس أيوب خان في 1 مارس 1962، ودخل حيز التنفيذ في 8 يونيو 1962. أصبحت باكستان جمهورية رئاسية بموجب هذا الدستور. ألغي حق الاقتراع العام لصالح نظام أطلق عليه اسم "الديمقراطية الأساسية"، وبموجب هذا النظام ستكون الكتلة الانتخابية مسؤولة عن انتخاب الرئيس والجمعية الوطنية. أنشأ دستور عام 1962 أيضاً نظام حكم لامركزي في غرب وشرق باكستان، إذ كانت لكل مقاطعة حكوماتها الخاصة المستقلة. حدد الدستور تقاسم السلطات بين الحكومة المركزية والمقاطعات. حصلت فاطمة جناح على دعم قوي في باكستان الشرقية خلال محاولتها الفاشلة لإسقاط أيوب خان في الانتخابات الرئاسية عام 1965.
أعلنت دكا عاصمةً ثانية لباكستان في عام 1962، وكانت العاصمة التشريعية للبلاد وكلف لويس كان بتصميم مبنى الجمعية الوطنية. ازداد عدد سكان دكا في الستينيات، واستثمرت سبعة حقول غاز طبيعي في المقاطعة، وتطورت صناعة النفط مع بناء المصفاة الشرقية في مدينة شيتاغونغ الساحلية.
