ولد محمد المنصف المرزوقي في [[7 يوليو]] [[1945]] في [[قرمبالية]] ([[ولاية نابل]]). وتنحدر عائلته من الجنوب التونسي (من [[المرازيق (قبيلة)|قبيلة المرازيق]] من [[دوز]] في [[ولاية قبلي]]). والده هو [[محمد البدوي المرزوقي]] ووالدته عزيزة بنت كريم، وله أربعة أشقاء وسبعة أخوة غير أشقاء. نشأ في [[تونس]] والتحق من عام [[1957]] حتى [[1961]] ب[[المدرسة الصادقية]] بالعاصمة [[تونس]]. وفي سنة [[1961]] غادر تونس للالتحاق بوالده، الذي عمل وعاش في [[المغرب]] مدة 33 سنة وتزوج من امرأة [[التركيبة السكانية للمغرب|مغربية]] ورزق بسبعة أبناء يعتبرونهم إخوة غير أشقاء للمنصف المرزوقي.<ref>(ar) [http://www.maghress.com/alittihad/142270 رئيس جمهورية تونس، منصف المرزوقي:هكذا تعلمت حب المغرب والمغاربة]، مغرس، 21 يناير 2012 {{Webarchive|url=http://web.archive.org/web/20160304195951/http://www.maghress.com/alittihad/142270 |date=04 مارس 2016}}</ref><ref>(ar) [http://www.aawsat.com/details.asp?section=4&issueno=12128&article=663115&feature= المرزوقي: توزع إخوتي على تونس والمغرب شكل عائلة مغاربية حققت الوحدة المنشودة.] الشرق الأوسط، 11 فبراير 2012 {{Webarchive|url=http://web.archive.org/web/20120211155326/http://aawsat.com//details.asp?section=4&issueno=12128&article=663115&feature= |date=11 فبراير 2012}}</ref> درس منصف المرزوقي [[طنجة|بطنجة]] حتى عام [[1964]]، حصل خلالها على شهادة [[بكالوريا|الباكالورياالبكالوريا]] ([[ثانوية عامة|الثانوية العامة]]) قبل السفر إلى [[فرنسا]] ليدرس في [[جامعة ستراسبورغ]] في كلية العلوم الإنسانية.
في عام [[1970]] شارك المرزوقي في مسابقة عالمية للشبان بمناسبة مئوية [[مهاتماالمهاتما غاندي]] لتقديم نص عن حياة الرجل وفكره، فازت مشاركة المنصف ليحل ضيفاً على الحكومة الهندية لمدة شهر وليتجولويتجول فيها من أقصى الشمال إلى أقصى الجنوب. في سنة [[1975]] سافر إلى [[الصين]] ضمن وفد لمعاينة تجربة الطب في خدمة الشعب هناك. عاد بعد ذلك المرزوقي إلى تونس عام [[1979]]، وعمل أستاذاً مساعداً في قسم الأعصاب في [[جامعة تونس]]. شارك في تجربة الطب الشعبي الجماعي في تونس قبل وقف المشروع.
