في عام [[1944]] انضم كوهين إلى [[منظمة الشباب اليهودي الصهيوني]] في [[الإسكندرية]] وبدأ متحمساً للسياسة الصهيونية تجاه البلاد العربية. وبعد [[حرب 1948]]، أخذ يدعو مع غيره من أعضاء المنظمة لهجرة اليهود المصريين إلى [[فلسطين]]. وبالفعل، في عام [[1949]] هاجر أبواه وثلاثة من أشقائه إلى [[إسرائيل|إفلسطين]] بينما تخلّف هو في الإسكندرية. وقبل أن يهاجر إلى [[إسرائيل]]،فلسطين، عمل تحت قيادة ([[أبرهام دار|إبراهام دار]]) وهو أحد كبار الجواسيس الإسرائيليين الذي وصل إلى [[مصر]] ليباشر دوره في التجسس ومساعدة اليهود على الهجرة وتجنيد العملاء، واتخذ الجاسوس اسم جون دارلينج وشكّل شبكةً للمخابرات الإسرائيلية بمصر نفذت سلسلة من التفجيرات ببعض المنشآت الأمريكية في [[القاهرة]] والإسكندرية بهدف إفساد العلاقة بين مصر و[[الولايات المتحدة|الولايات المتحدة الأمريكية]]. وفي عام [[1954]]، تم إلقاء القبض على أفراد الشبكة في فضيحة كبرى عرفت حينها ب[[فضيحة لافون]]. وبعد انتهاء عمليات التحقيق، كان إيلي كوهين قد تمكّن من إقناع المحققين ببراءة صفحته إلى أن خرج من مصر عام [[1955]] حيث التحق هناك بالوحدة رقم 131 بجهاز [[موساد|الموساد]] ثم أعيد إلى مصر ولكنه كان تحت عيون المخابرات المصرية التي لم تنس ماضيه فاعتقلته مع بدء [[العدوان الثلاثي|العدوان الثلاثي على مصر]] في [[أكتوبر]] [[1956]].
