تنبع المياه من ارضأرض المغارة في 3 مواقع: الاول- هو النبع الغزير منهم وينبع من الجهة الشمالية الشرقية للمغارة من جهة جبل الشيخ. الثاني- ينبع على بعد متر من الجهة الشمالية الغربية للنبع الاول، وهو اشح الينابيع الثلاثة. الثالث- ينبع على بعد 35 سم من النبع الثاني في نفس الجهة، وهنالك فتحات أخرى لينابيع قد ضحلت مياهها. هذه الينابيع التي ترفد بئر العذراء في فصلي الصيف والخريف، اما في فصل الشتاء تتدفق المياه من جميع انحاء المغارة وتنساب في قناة (قسطل) حتى تصل بئر العذراء داخل [[كنيسة البشارة]] '''[[الروم الأرثوذكس]].'''