كانت بداية نشأة مدينة ود مدنى في سنة [[1489]] م تقريباً، عندما حلّ الفقيه محمد الأمين ابن الفقيه مدني الذي يتصل نسبه بعقيل بن أبي طالب بن عبد المطلب الهاشمي،الهاشمي بموقعبقرية اسمها وديومة وهي اقدم مناطق ولاية الجزيرة حيث اكرمه الفكي ادريس المكني بديومة وطلب منه ان يسكنه عنده وكانت كل الاراضي حينها ملك ديومة فوهبه ارض يسكن فيها وهي مدني الحاليه التي سميت بأسمه والي يومنا هذا، وهي موقع المدينة.. حيث أقام بالمكان الذي توجد فيه قبة الضريح الذي يحمل اسمه (وهو الآن [[خلوة]] لتعليم [[القرآن]] و[[الفقه]]). وبدأت الأحياء السكنية تنتشر حوله، وكان أولها حي المدنيين الذي كان يقطنه الدارسون والمريدون للفقيه محمد الأمين. وقامت بالبلدة خلال تلك الحقبة من الزمن صناعة القوارب الشراعية إلى جانب صناعات محلية أخرى كدباغة الجلود وصناعة الأحذية والعناقريب (المفرد [[عنقريب]] وهو السرير السوداني التقليدي).
