خلال حكم القاجاريون ظل الزرادشتيون في حالة معاناة واستمر تراجع أعدادهم. حتى أثناء حكم [[محمد خان القاجاري]]، مؤسس الأسرة الحاكمة، قُتل العديد من الزرادشتيين وتم نقل بعضهم كأسرى إلى أذربيجان.<ref name=sh21>{{harvnbاستشهاد بهارفارد دون أقواس|Shahmardan|p=125}}</ref> ويعتبر العديد من الزرادشتيون فترة القاجاريون واحدة من أسوأ حقبات تاريخهم.<ref name=price111 /> والعديد من الزوار الأجانب إلى بلاد فارس في ذلك الوقت قد علقوا على وضعهم المثير للشفقة.<ref name=hast150>{{harvnbاستشهاد بهارفارد دون أقواس|Selbie|1914|p=150}}</ref> وأشار مصدر إلى أن الزرادشتيين عاشوا في خوف دائم من الاضطهاد من قبل المتطرفين المسلمين وحياتهم كانت في خطر كلما اندلعت روح التعصب، مثل تلك التي حصلت في [[يزد]].<ref name=jack376>{{harvnbاستشهاد بهارفارد دون أقواس|Jackson|1906|p=376}}</ref> ووفقاً لإدوارد براون، كان جدار المنازل الزرادشتية أقل من منازل المسلمين وحظر عليهم وضع علامات على منازلهم بعلامات مميزة.<ref name="ann207">{{harvnbاستشهاد بهارفارد دون أقواس|Lambton|1981|p=207}}</ref> وتم منع الزرادشتيين من إقامة منازل جديدة وإصلاح المنازل القديمة. في عام [[1839]] تعرضت الجالية اليهودية في مدينة [[مشهد]] للهجوم من قبل الغوغاء ثم أجبروا على اعتناق الإسلام.<ref name="JadidAlIslam">{{citeمرجع webويب|firstالأول=Jaleh |lastالأخير=Pirnazar |urlمسار=http://www.fis-iran.org/en/irannameh/volxix/mashhad-jewish-community |titleعنوان=The "Jadid al-Islams" of Mashhad |workعمل=Foundation for Iranian Studies |locationمكان=Bethesda, MD, USA |publisherناشر=[[Foundation for Iranian Studies]] |accessdateتاريخ الوصول=2012-11-13}}</ref>
