كلمة بكتيريا " هي الجمع من كلمة بكتيريا في اللاتينية الجديدة، وتُرجمت للغة اليونانية من الكلمة اليونانية ({{رمز لغة|el|βακτήριον}} (baktērion، وهي تصغير كلمة βακτηρία baktēria)) <ref>{{LSJ|bakth/rion|βακτήριον|ref}}.</ref> وتعني "قضيب أو عصا"<ref>{{LSJ|bakthri/a|βακτηρία|shortref}}.</ref> لأن أول أنواع البكتيريا التي تم اكتشافها كانت على شكل عصا<ref>[http://oxforddictionaries.com/view/entry/m_en_gb0055310#dws-m_en_gb-m-en_gb-msdict-00002–034344 bacterium], on ''Oxford Dictionaries''. {{Webarchive|url=http://web.archive.org/web/20110510115644/http://oxforddictionaries.com/view/entry/m_en_gb0055310 |date=10 مايو 2011}}</ref><ref>{{OEtymD|bacteria}}</ref>. هناك خلاف في استخدام المصطلح العربي بين من يستخدم كلمة "جراثيم" بشكل واسع كمقابل ل "Germ" وتبقى البكتريا مقابل ل "Bacteria" لكن البعض الآخر يستخدم مصطلح جراثيم كمقابل لكلمة Bacteria أيضا.مصطلح "بكتريا" استخدم تاريخيا لكل [[بدائيات النوى]] أحادية الخلية المجهرية، ومع ان هذا ما زال شائعا في الحياة اليومية إلا أن تطور علم الأحياء الدقيقة كشف عن تفصيلات تفرق بشكل واضح بين ال[[فيروسات]] والبكتيريا والفطريات. وبشكل أكبر بين منحيين في التطور ضمن البكتيريا نفسها أنتجا صنفين (انظر [[نظام ثلاثي النطاقات]]): ''' '''بكتيريا حقيقية وعواتق أي جراثيم قديمة. حاليا يطلق عليهم اسم '''بكتيريا''' التي نتحدث عنها هنا وال[[بكتيريا قديمة|أثريات]] (البكتيريا القديمة).
