أخطاء قراءة الحمض النووي: الفرق بين النسختين

{{مصدر|تاريخ=مارس 2019}}

{{نهاية مسدودة|تاريخ=مارس 2019}}

 

== نظرة عامة ==

 

من طريقة تكوين رسم بياني دي بروين ، يمكننا أن نرى أن هناك إمكانية لـ 4 اضعاف عقد مختلفة لعمل ترتيبات الجينوم. يمكن تقليل عدد العقد المستخدمة لإنشاء الرسم البياني من خلال النظر فقط في عدد k-mers الموجود في سلسلةالحمض النووي المهمة. بالنظر إلى التسلسل الاول ، يمكننا تحديد العقد ذات الحجم 7 أو 7 أمتار ، والتي ستكون في الرسم البياني. هذه 7-mers ثم إنشاء الرسم البياني هو مبين في الشكل 1.

 

بمجرد الحصول على القراءات ، يتم تجزئتها إلى k-mers. ثم يتم تسجيل k-mers في جدول مع عدد المرات التي ظهر فيها كل k-mer في القراءات. في هذا المثال ، تم تجزئة كل قراءة إلى 4 أمتار ، وإذا حدث خطأ ، فقد سجل باللون الأحمر. ثم تم تسجيل جميع الـ 4 mers ، بترددها في الجدول التالي.

 

بعد ذلك ، ستشكل كل خلية فردية في الجدول عقدة ، مما يسمح بتكوين رسم بياني لـ Bru Brun من kers. في الشكل 2 ، يتم تحديد الامتدادات الخطية ثم يتم تشكيل رسم بياني آخر ، الشكل 3 ، حيث أصبحت الامتدادات الخطية عقدة واحدة ، بحجم k-mer مختلف ، مما يسمح برسم بياني أكثر إيجازًا. في هذا الرسم البياني المبسط ، من السهل تحديد العديد من النصائح والفقاعات ، كما هو مبين في الشكل 4. ويمكن بعد ذلك إزالة هذه الفقاعات والنصائح ، حيث يمكننا تحديد أنها تشكلت من أخطاء في قراءة bp ، مما يوفر لنا بنية الرسم البياني يجب أن تعكس بدقة وبشكل كامل التسلسل الأصلي. إذا اتبعت الرسم البياني دي بروين الموضح في الشكل 5 ، فسترى أن التسلسل الذي تم تشكيله يتوافق بالفعل مع تسلسل الحمض النووي الوارد في التسلسل 2.