نمذجة متماثلة: الفرق بين النسختين

[مراجعة غير مفحوصة][مراجعة غير مفحوصة]
تم حذف المحتوى تمت إضافة المحتوى
JarBot (نقاش | مساهمات)
ط بوت:صيانة 7.V2، أضاف وسم غير مصنفة، أضاف وسم يتيمة
JarBot (نقاش | مساهمات)
ط بوت:إضافة وسم مقالات بحاجة لشريط بوابات لعدم تواجد شريط بوابات
سطر 4:
تحتوي البروتينات المرتبطة بالتطور التطوري على تسلسلات متشابهة ، وللبروتينات المتجانسة الموجودة طبيعياً بنية بروتينية مماثلة. وقد تبين أن بنية البروتين ثلاثي الأبعاد هي أكثر تحفظًا من الناحية النظرية مما هو متوقع على أساس حفظ التسلسل وحده. ثم يتم استخدام محاذاة التسلسل وهيكل القالب لإنتاج نموذج هيكلي للهدف. ولما كانت هياكل البروتين أكثر تحفظًا من تسلسلات الدنا ، فإن المستويات القابلة للكشف عن تشابه التسلسل عادة ما تعني تشابهاً بنيوياً كبيراً. تعتمد جودة نموذج التماثل على جودة محاذاة التسلسل وهيكل القالب. يمكن تعقيد هذا النهج من خلال وجود فجوات محاذاة (تسمى عادة indels) تشير إلى منطقة هيكلية موجودة في الهدف ولكن ليس في القالب ، وبفجوات بنية في القالب تنشأ من ضعف القرار في الإجراء التجريبي [[دراسة البلورات بالأشعة السينية|(عادة X تبلور البلورات)]] يستخدم لحل الهيكل. انخفاض جودة النموذج مع انخفاض [[تراصف تسلسلي|هوية التسلسل]] ؛ نموذج نموذجي لديه 1 ~ 2 Å جذر متوسط ​​الانحراف الجذري بين ذرات Cα المطابقة عند هوية تسلسل 70٪ ولكن فقط 2-4 اتفاق عند هوية تسلسل 25٪. ومع ذلك ، فإن الأخطاء تكون أعلى بشكل ملحوظ في مناطق الحلقات ، حيث قد تكون تسلسلات الأحماض الأمينية للهدف وبروتينات القالب مختلفة تمامًا. مناطق النموذج الذي تم بناؤه بدون قالب ، عادةً بواسطة نمذجة العروة ، عادة ما تكون أقل دقة بكثير من بقية النموذج. كما تزداد الأخطاء في تعليب [[سلسلة جانبية|السلسلة الجانبية]] وموقعها مع انخفاض الهوية ، وقد اقترحت الاختلافات في تكوينات التعبئة هذه كسبب رئيسي لضعف جودة النموذج عند انخفاض الهوية. إذا ما أخذنا معاً في الاعتبار ، فإن أخطاء الذرينة المختلفة هذه كبيرة وتعوق استخدام نماذج التماثل للأغراض التي تتطلب بيانات ذات دلالة ذرية ، مثل [[تصميم دواء|تصميم الأدوية]] وتنبؤات [[تآثرات البروتين-بروتين|التفاعل بين البروتين وال ؛روتين]] ؛ حتى التركيب الرباعي للبروتين قد يكون من الصعب التنبؤ به من نماذج التماثل للوحدات الفرعية. ومع ذلك ، يمكن لنماذج التماثل أن تكون مفيدة في التوصل إلى استنتاجات نوعية حول الكيمياء الحيوية لتسلسل الاستعلام ، وخاصة في صياغة فرضيات حول سبب حفظ بعض المخلفات ، مما قد يؤدي بدوره إلى تجارب لاختبار هذه الفرضيات. على سبيل المثال ، قد يشير الترتيب المكاني للبقايا المحفوظة إلى ما إذا كان يتم حفظ بقايا معينة لتثبيت الثني ، أو للمشاركة في ربط بعض الجزيئات الصغيرة ، أو لتعزيز الارتباط مع بروتين آخر أو حمض نووي.
{{غير مصنفة|تاريخ=ديسمبر 2018}}
{{مقالات بحاجة لشريط بوابات}}