ولد محمد بن عبد الكريم الخطابي في [[أجدير]]، وهو ينتسب إلى قبيلة [[بني ورياغل]]، والده عبد الكريم الخطابي كان قاضي القبيلة. عرفت الأسرة الخطابية التي يعود أصلها للأدارسة أول حكام المغرب بالمكانة العلمية والسياسية لرجالاتها الذين شغلوا مناصب القيادة والقضاء في منطقتي الريف الأوسط والغربي. تلقى محمد تعليمه الأولي المتمثل في حفظ القرآن والتعاليم الدينية في [[أجدير]]، قبل أن ينتقل للدراسة في مدينة [[تطوان]] ثم مدرسة العطارين بفاس<ref name="ماثيو">مذكرات الأمير محمد بن عبد الكريم الخطابي؛ تأليف روجر ماثيو (1927)؛ ترجمة عمر أبو النصر؛ دار النشر العباسية؛ طبعة 2005؛ رقم الإيداع القانوني 2004/2338</ref>، ثم انتقل إلى مدينة [[مليلية]] التي نال فيها شهادة الباكالوريا الإسبانية. ثم انتقل بعد ذلك إلى الدراسة في [[جامعة القرويين]] بفاس، حيث تتلمذ على يد مجموعة من علماء الدين والسياسة ك[[عبد الصمد بن التهامي]] و[[محمد بن التهامي]] و[[محمد الكتاني]].<ref name="كموني">[http://www.nadorcity.com/الحياة-العلمية-والعملية-للأمير-المجاهد-محمد-بن-عبد-الكريم_a2909.html الحياة العلمية والعملية للأمير المجاهد محمد بن عبد الكريم الخطابي؛ عبد الله كموني؛ موقع ناضور سيتي]</ref> خلال فترة دراسته في فاس، كلف من طرف والده ببعثة سياسية لدى السلطان عبد العزيز سنة 1908، أبدى فيها دعم [[بني ورياغل]] لمحاربة الجيلالي بن ادريس الزرهوني [[بوحمارة]] الذي هدد وحدة الكيان المغربي قبيل الفترة الإستعمارية بإيعاز من الأطماع الاستعمارية الفرنسية والإسبانية في المغرب،في ظرفية سياسية صعبة من [[تاريخ المغرب]].<ref name="ماثيو"/><ref name="مومي">[http://www.oloum-omran.ma/Article.aspx?C=10843 مدخل إلى قراءة ثقافية في شخصية الأمير الخطابي؛ إبراهيم مومي؛ موقع وحدة العلم والعمران؛ الرابطة المحمدية للعلماء] {{Webarchive|url=http://web.archive.org/web/20160623192654/http://www.oloum-omran.ma/Article.aspx?C=10843 |date=23 يونيو 2016}}</ref>
كان ختام مسيرته الجامعية في مدينة شلمنقة الإسبانية، والتي درس فيها القانون الإسباني بجامعتها لمدة ثلاث سنوات.
