تزوَّج الصادق من نساءٍ عديدات، منهنّ: فاطمة بنت الحسين الأثرم بن الحسن بن علي بن أبي طالب، وكان أبوها ابن عم زين العابدين، ومنهن حميدة البربريَّة والدة الإمام موسى الكاظم، واتخذ إماء أخرىات. وكان له عشرة أولاد، وقيل أحد عشر ولداً؛ سبعة من الذكور وأربع إناث، فأما الذكور فهم: [[إسماعيل بن جعفر الصادق|إسماعيل]] (وإليه ينسب [[إسماعيلية|المذهب الإسماعيلي]])، و[[عبد الله بن جعفر الصادق|عبد الله]]، و[[موسى الكاظم]]، وإسحاق، وأبو بكر و[[محمد بن جعفر الصادق|محمد]]، و[[علي العريضي|علي (المعروف بالعريضي)]]، والعبَّاس. وأما الإناث فهن فاطمة وأسماء وفاطمة الصغرىوعائشة وأم فروة.<ref>[http://www.alashraf-leb.org/docs/Ansab/nasab/Ja^far_Sadek.htm جمعيَّة الأشراف: فصل في ذكر ترجمة الإمام جعفر الصادق رضي الله عنه] {{Webarchive|url=http://web.archive.org/web/20160305004801/http://www.alashraf-leb.org/docs/Ansab/nasab/Ja%5Efar_Sadek.htm |date=05 مارس 2016}}</ref> كانت زوجة الصادق الأولى هي فاطمة بنت الحسين بن علي بن الحسين بن علي بن أبي طالب، وهي أم إسماعيل وعبد الله وأم فروة، وبعد وفاتها ابتاع الإمام أمَةً أندلسية، يرجع أصلها إلى بربر المغرب تُدعى (حميدة بنت صاعد)، فأعتقها وعلَّمها أصول الشرع والدين ثم تزوَّجها، فولدت له موسى ومحمد، وقد أجلّها الشيعة وبالأخص نساؤهم؛ لورعها وتقواها وحكمتها، وعُرفت باسم " حميدة خاتون" و"حميدة المصفّاة" بسبب ما قاله زوجها عنها: {{اقتباس مضمن|حميدة مصفّاة من الأدناس كسبيكة الذهب}}.<ref>[http://www.aljawadain.org/Imam_alkadhim.html موقع العتبة الكاظمية المقدسة: في رحاب الإمام الكاظم: ولادته] {{وصلة مكسورة|date= يوليو 2017 |bot=JarBot}} {{Webarchive|url=http://web.archive.org/web/20121010073908/http://www.aljawadain.org/Imam_alkadhim.html |date=10 أكتوبر 2012}}</ref><ref>Akhtar Rizvi, Sayyid Sa'eed, ''Slavery From Islamic and Christian Perspectives''. Vancouver Islamic Educational Foundation. ISBN 0-920675-07-7</ref>
