عندما اعلن الامام [[محمد احمدأحمد المهدي]] دعوته بأنه [[المهدي المنتظر]] رفض بعض مشايخ الطرق الصوفية في البداية الاعتراف بدعوته .راسل الإمام المهدي شيخ [[الطريقة الختمية]] السيد [[محمد عثمان]] (الاقرب) ابن الاستاذ الحسن أبو جلابية نجل مؤسس الطريقة الإمام [[محمد عثمان الختم]] طالباً [[البيعة]] له والإعتراف بمهديته ، لكن شيخ الختمية رفض البيعة، ولم يكن المهدي في تلك الأيام مهموماً بامر الختمية بقدرما ما كان يهمه التخلص من حاميات الغرب حتى يتسنى له التوجه الي مدينة [[الخرطوم]] حيث كان يتحصن حاكم عام السودان [[غوردون باشا]]. وبعد تحرير الخرطوم قرر المهدي غزو كسلا ولكنه توفي قبل تحقيق ذلك فقام خليفته [[عبدالله التعايشي]] تور شين، بارسال حملة إلى كسلا .وصمدت المدينة فقرر قائد الحملة مصطفي كافوت ومساعده وهدل علي استخدام المفاوضات كحيلة للإستيلاء على المدينة التي صمدت لأكثر من ستة شهور قاوم خلالها مقاتلو الختمية وحلفائهم من القبائل كالحلنقة والمهلتكناب والهدندوة وعندما جاء الجميع للمفاوضات من بينهم السيد محمد عثمان الاقرب وابن عمه السيد بكري الميرغني وقادة المهدية وبعض خلفاء الطريقة الختمية وبعض قادة الدولة المهدية صوب قائد المهدية مسدسه نحو شيخ الختمية ليطلق النار التي اصابت واحداً من اتباعه كان قد القى بسرعة بجسده علي الشيخ فيما تمكن الآخرون من الهروب واصيب السيد بكري في فخذه في تلك الواقعة {{حقيقة}} . وقام خلفاء الطريقة الختمية بتهريب شيخهم محمد عثمان الاقرب وابن عمه بكري الميرغني إلى خارج المدينة ومعه عددمن خلفائه من بينهم الخليفه محجوب مالك، وفكي يعقوب والشيخ محمد ادريس الرباطابي والجعلي. واستولى مقاتلوا المهدية ععلى المدينة وبدأوا حملة ثأر ضد القبائل التي كانت حليفة للختمية {{حقيقة}}.
===الإحتلال الإيطالي===
خضعت المدينة لسيطرة قوات المهدي بقيادة الأمير [[عثمان دقنة]] حتى عام [[1894]] حينما أحتلها الطليان بعد انتصارهم على [[الأنصار]] في [[معركة كسلا]] ثم انسحبوا منها في عام [[1897]]م، إلا أن غزوهم الثاني الذي حدث إبّان الحرب العالمية الثانية هو الأكثر أهمية، فقد دخلوا المدينة علي حين غفلة من حامية الجيش البريطاني وقاموا بإعتقال ناظر قبيلة الحلنقة لأنه كان يمثل الزعامة السياسية القبيلية في المنطقة فتم نفيه إلى مدينة [[عصب]] [[إريتريا|الاريترية]]. لم يستمر الطليان في حكم كسلا الا بعض سنين فقد تمكن البريطانون من اخراجهم منها وطاردوا فلولهم حتي وصلو إلى مشارف [[أسمرة]] العاصمة الاريترية ومقر القيادة الايطالية.{{حقيقة}} وهناك رأي يقول بأن الطليان قاموا بتسليم المدينة [[الجيش البريطاني|للجيش البريطاني]] باتفاق مع حاكم عام [[السودان المصري الإنجليزي]] اللورد [[كتشنر]].<ref name="">{{مرجع ويب|العنوان=Italian victory in Africa; Defeat of the Mahdists and capture of Kassala |المسار=http://query.nytimes.com/gst/abstract.html?res=9905E5DF143EEF33A25753C2A9619C94659ED7CF |الناشر=[[نيويورك تايمز]] |التاريخ=July 20, 1894 |تاريخ الوصول=2009-05-13}} {{Webarchive|url=http://web.archive.org/web/20160819231631/http://query.nytimes.com/gst/abstract.html?res=9905E5DF143EEF33A25753C2A9619C94659ED7CF |date=19 أغسطس 2016}}</ref>
