ولد جناح محمد علي جناح بهي {{إنج|Mahomedali Jinnahbhai}}، {{efn|{{غوجاراتية|મુહમ્મદ અલી જિન્ના}}}} على الأرجح في عام [[1876]]، {{efn|في الوقت الذي يحتفل بـ [[25 ديسمبر]] [[1876]] كيوم ميلاد جناح، فإن غياب الوثائق التي تؤكد التاريخ تضعه محل شك. فلا شهادة ميلاد مسجل في كراتشي ولا أي تسجيل محفوظ في لدى العائلة (كون الأمر كان غير مهم آنذاك لدى المسلمين). وبالمقابل تشير بيانات المدرسة إلى تاريخ [[20 أكتوبر]] [[1875]]. راجع {{استشهاد بهارفارد دون أقواس|Bolitho|p=3}}}} ، في فترة كان يعيش فيها أبواه بونجا جنه و ميثيباي (Mithibai) في شقة مستأجرة بالطابق الثاني في وزير مانشن (Wazir Mansion)، بمدينة [[كراتشي]].<ref name="Moini 20 December 2003"/> كان مسقط رأس جناح في [[السند (إقليم)|السند]]، وهي الآن جزء من دولة باكستان، ولكنها آنذاك كانت مرتبطة ببومباي في ظل الهند البريطانية. كان والده يعمل في التجارة وكانت مزدهرة، رغم أنه من عائلة نساجين في قرية بنلي (Paneli) بولاية جوندال [[ولاية أميرية|الأميرية]]؛ وكانت والدته من نفس القرية أيضا. بعد زواجهما، انتقل والدا جناح إلى كراتشي حوالي عام 1875. حيث كانت تتمتع كراتشي بطفرة اقتصادية : خاصة بعد افتتاح [[قناة السويس]] في عام 1869، حيث أصبحت المدينة أقرب بـمئتي ميل بحري عن [[أوروبا]] للشحن مقارنة ب[[مومباي]].{{sfn|Singh|pp=30–33}} {{sfn|Wolpert|pp=3–5}}
كانت عائلة جناح تنتمي لفرقة [[البهرة]] [[إسماعيلية|الإسماعيلية]] ، {{sfn|Wolpert|p=4}} درس جناح تعاليم ال[[شيعة اثنا عشريةالإثناعشرية]] ومذاهب [[أهل السنة والجماعة]] وكان ضليعا في '''الفقه الاسلامي'''<ref>جناح، محمد علي، موسوعة السياسة، المجلد الثاني، المؤسسة العربية للدراسات والنشر، الطبعة الأولى 1981، ص 97 و98.</ref>. {{sfn|Wolpert|p=18}} كان جناح الطفل الثاني؛ <ref name="Anjali Desai"/> {{sfn|Ahmed|p=3}} ولديه ثلاثة أشقاء وثلاث شقيقات، أصغرهن [[فاطمة جناح]]. كان والداه في الأصل يتحدثون [[لغة غوجاراتية|بالغوجاراتية]]، وتعلم أطفالهم أيضا التحدث بلغات الكوتشي (Kutchi) و[[لغة سندية|السندية]] والإنجليزية. {{sfn|Jinnah, Fatima|pp=48–49}} عدا فاطمة، لا يعرف إلا القليل عن أشقائه، أين استقروا وهل اجتمعوا بشقيقهم بعد أن امتهن القانون والسياسة ؟ {{sfn|Puri|p=34}}
في صباه، عاش جناح لبعض الوقت مع عمته في [[بومباي]]، وربما يكون قد تردد هناك على مدرسة كوجل داس تج (Gokal Das Tej) الابتدائية، ودرس في وقت لاحق في الكاتدرائية ومدرسة جون كونون (John Connon). في كراتشي، كما تردد على مدرسةُ الإسلام-السند ومدرسة جمعية التبشير المسيحي الثانوية. {{sfn|Singh|p=54}} {{sfn|Ahmed|p=26}} ومنها التحق بجامعة بومباي. في السنوات الأخيرة من حياته، وخصوصا بعد وفاته، سرى عدد كبير من القصص عن صبا مؤسس باكستان: وكيف أنه كان يقضي كل وقت فراغه في مخافر الشرطة، يستمع للمحاضر والتقارير، وأنه كان يقرأ كتبه تحت أضواء الشوارع لعدم وجود إضاءة أخرى. كاتب سيرته الذاتية الرسمية، هيكتور بوليثو، قابل في عام [[1954]] زميل صبا لجناح على قيد الحياة، وروى له كيف أن جناح كان يحث الأطفال الآخرين على ترك اللعب بالكريات وسط الغبار والأتربة، وعلى الانتفاض والحفاظ على أيديهم وملابسهم نظيفة، ويرغبهم بلعب [[كريكيت|الكريكيت]] بدلا عن ذلك. {{sfn|Bolitho|pp=5–7}}
