وبعد مجيء الحكومة الإيرانية الجديدة بقيادة [[خميني]] قاموا بمساعدة التمرد الكردي في شمال العراق، حيث إنه بعد وفاة الملا مصطفى في [[واشنطن]] قدم النظام الإيراني المساعدات إلى قيادة التمرد الكردي وجعل الأراضي الإيرانية نقطة انطلاق لقوات التمرد الكردي إلى داخل الحدود العراقية، كما انأن [[إيران]] قامت للفترة من حزيران إلى ايلولأيلول 1980 بحوالي 187 انتهاكا واعتداءا عسكريا واستخدمت المدفعية عيار 175 ملم الأمريكية الصنع لقصف مدينتي [[خانقين]] و[[مندلي]] منطلقة من الأراضي العراقية التي يجب إعادتها بموجب اتفاقية الجزائر إلى [[العراق]]، وبذلك فانفإن الحكومة الإيرانية قد قامت بانتهاك عناصر التسوية الشاملة التي تضمنتها اتفاقية الجزائر وبالغائهاوبإلغائها من جانبها ولذلك قررت الحكومة العراقية اعتبار الاتفاقيةالإتفاقية المذكورة ومالحقهاوما لحقها من اتفاقات استندت اليهاإليها ملغاة من جانب العراق وطالبت إيران انأن تعترف بسيادة العراق على اراضيهأراضيه ومياهه كما كان عليه الوضع قبل اتفاقية الجزائر حيث قرر مجلس قيادة الثورة بالخطاب الذي اعلنهأعلنه [[صدام حسين]] في 17 ايلولأيلول 1980 اثناءأثناء انعقاد جلسة المجلس الوطني الغاءإلغاء الاتفاقية.
وفي حقيقة إلغاء اتفاقية الجزائر من الجانب الإيراني نجد انهاأنها الغتهاألغتها بالفعل قبل العراق، ولاتعترفولا تعترف بها فقد نشرت صحيفة اطلاعاتإطلاعات الصادرة في [[طهران]] في 19 حزيران من عام 1979 حديثا للدكتور صادق طباطبائي المساعد السياسي لوزارة الداخلية الإيرانية وهو ممثل [[الخميني]] في هذه الوزارة قال فيه: ( إن الحكومة المركزية الإيرانية لاتتمسك باتفاقية الجزائر).{{#وسم:ref|جريدة اطلاعات الإيرانية - 19 يونيو 1979.}}
وفي 15 سبتمبر 1980 صرح الجنرال فلاحي مساعد رئيس اركانأركان الجيش الإيراني عبر شبكات التلفاز الإيراني والاذاعةوالإذاعة باللغتين الفارسية والعربية بانبأن [[إيران]] لاتعترف باتفاقية الجزائر وبانوبأن منطقة زين القوس وسيف سعد هي مناطق إيرانية وكذلك [[شط العرب]].
ولقد أدلى أبو الحسن بني صدر رئيس جمهورية إيران في وقتها بتصريح لوكالة الصحافة الفرنسية في 19 أيلول 1980 قال فيه: ( على الصعيد السياسى لم تقم إيران بتنفيذ اتفاقية الجزائر الموقعة عام 1975 وانوأن نظام الشاه نفسه لم ينفذها).
وقد قام الجيش الإيراني قبل قيام العراق بالغاءبإلغاء اتفاقية الجزائر بالتحرك صوب الحدود العراقية وقد اصدرأصدر اربعةأربعة بلاغات رسمية عسكرية بذلك منها البلاغ رقم 3 يوم 19 أيلول 1980 باعتراف إيران باستخدام القوة الجوية وفي البلاغ رقم 4 يوم 19 أيلول 1980 حيث تباهى الإيرانيون باشعالبإشعال النيران في حقول نفط خانة في [[العراق]] كما قامت المدفعية الإيرانية برمي النيران على الطائرات المدنية التابعة للخطوط الجوية البريطانية والفرنسية التي كانت تنوي الهبوط في مطار [[البصرة]] كما اغلقتأغلقت إيران [[شط العرب]] بوجه الملاحة البحرية الاجنبيةالأجنبية . ولقد بلغ التدخل الإيراني في الشؤون الداخلية للعراق مستوى عاليا على كل الصعد الإيرانية بداءابدءاً من الخميني ومرورا بالسلطات السياسية والدينية والعسكرية التي طالبت بتغيير النظام السياسي بالعراق واستخدام السلاح لتحقيق ذلك وانشاءوإنشاء تنظيمات سياسية تحت غطاء ديني استخدمت الارهابالإرهاب للقيام باعمالبأعمال ضد أبناء الشعب العراقي ودوائره الحكومية.
وبعد وقف اطلاقإطلاق النار بين العراق وإيران الذي دخل حيز التنفيذ في 8 آب 1988 وافق العراق بموجب قرار مجلس الامن الذي صدر في 28 آب 1980 بالعودة إلى طاولة المفاوضات لغرض وضع اتفاقية جديدة تنظم العلاقة الحدودية والامنيةوالأمنية بينهما.
