ألغى جيفرسون العديد من الضرائب الاتحادية،الإتحادية، وسعى إلى الاعتمادالإعتماد بشكل رئيسي على العائدات الجمركية. عفا الناس الذين كانوا قد سجنوا في إطار [[قانون الهجرة والتمرد]]، الذي أقره جون ادامز،آدامز، والذي يعتقد جيفرسون أنه غير دستوري. وألغى [[قانون السلطة القضائية من 1801]] وأزال الكثير من "قضاة منتصف الليل" لادامزلآدامز من مناصبهم، الأمر الذي أدى إلى أن المحكمة العليا بتت في القضية الهامة ''[[ماربوري ضد ماديسون|لماربوري ضد ماديسون]]''. بدأ وفاز في أول حرب بربرية (1801-1805)، وهىوهي أول حرب كبيرة لأميركا في الخارج، وأنشأ [[الأكاديمية العسكرية للولايات المتحدة]] في [[وست بوينت]] في عام 1802.
في عام 1803، على الرغم من الشكوك حول دستورية سلطة الكونغرس لشراء الأراضي، اشترى جيفرسون [[لويزيانا]] من فرنسا، وضاعف حجم الولايات المتحدة. الأرض المكتسبة تساوىتساوي 23 في المئة من حجم الولايات المتحدة اليوم.<ref>{{مرجع ويب|المسار=http://www.blm.gov/natacq/pls02/pls1-1_02.pdf |العنوان=Table 1.1 Acquisition of the Public Domain 1781-1867 |التنسيق=PDF |التاريخ= |تاريخ الوصول=2009-09-02}}</ref>
في عام 1807 حوكم نائب الرئيس السابق، آرون بور بتهمة الخيانة بأوامر من جيفرسون، ولكن تمت تبرئته. أثناء المحاكمة استدعى رئيس المحكمة [[جون مارشال]] جيفرسون الذي احتج استنادا إلى الامتيازالإمتياز التنفيذي، وادعى أن الرئيس لم يكن بحاجة إلى الامتثالالإمتثال. عندما نازع مارشال بأن الدستور لا يعطي رئيس الجمهورية أي استثناء لواجب الانصياعالإنصياع لأمر المحكمة، تراجع جيفرسون.
سمعة جيفرسون أصيبت بأضرار من جراء [[قانون الحظر عام 1807]]، والذي كان غير فعال وألغي في نهاية فترة ولايته الثانية.
