وأدى ذلك إلى ارتفاع وتيرة القتال لعدة أشهر. في 9 سبتمبر 2002، وقعت [[مذبحة إتابا]] حيث قتل مئات المدنيين العزل.
=== رئاسة ندايزيزيندايزيي ===
[[ملف:Pierre Nkurunziza - World Economic Forum on Africa 2008.jpg|تصغير|وسط|[[بيير نكورونزيزا]]، انتخب رئيسا لبوروندي في 2005.]]
في 9 أبريل 2003، أنشأ مقر [[عملية الاتحاد الأفريقي في بوروندي]] في بوجومبورا تحت قيادة اللواء الجنوب أفريقي شيبو بيندا. في 18 أكتوبر 2003، تشكلت قوة العملية، وتكونت من: 1483 جنوب أفريقي، 820 إثيوبي، و 232 فردا من [[موزمبيق]].<ref>Helmoed-Romer Heitman, 'Burundi mission at full strength,' Jane's Defence Weekly, 29 أكتوبر 2003, 16</ref>
في يوليو 2003، خلف هجوم للمتمردين في بوجومبورا 300 قتيل و 15.000 مشرد.<ref>[https://web.archive.org/web/20051115102535/http://refugees.org/countryreports.aspx?id=76 "Archived copy"]. أرشف من [http://www.refugees.org/countryreports.aspx?id%3D76 الأصل] في 15-11-2005. اطلع عليه بتاريخ 02-01-2009.</ref> أيضا في يوليو، تولى [[دوميتيندوميتيان ندايزيزيندايزيي]]، وهو من الهوتو، منصب رئيس الحكومة الانتقالية، وتنحى بويويا. جنبا إلى جنب مع جماعة الهوتو المتمردة الرئيسية، [[المجلس الوطني للدفاع عن الديمقراطية – قوى الدفاع عن الديمقراطية]]، وقع الرئيس ندايزيزيندايزيي اتفاقا لوقف إطلاق النار في قمة القادة الأفارقة في [[تنزانيا]] في نوفمبر 2003. في إطار الاتفاقية، أصبح المجلس الوطني من أجل الدفاع عن الديمقراطية حزبا سياسيا، وتقرر أن يتم استيعاب المقاتلين المتمردين الهوتو في القوات المسلحة، التي كانت في الغالب تتكون من التوتسي. في 29 ديسمبر 2003، قتل رئيس الأساقفة [[مايكل كورتني]]، سفير البابوية في البلاد. وقعت مجزرة في عام 2004 عندما أعلنت جماعة متمردة من الهوتو، [[قوات التحرير الوطنية]]، مسؤوليتها عن مقتل 160 لاجئ كونغولي من التوتسي في معسكر للأمم المتحدة في [[غاتومبا]] بالقرب من الحدود الكونغولية مع بوروندي. أدان الهجوم [[مجلس الأمن الدولي]]، الذي أصدر بيانا قال فيه أن "معظم ضحايا المجزرة كانوا من النساء والأطفال والرضع الذين قتلوا بالرصاص وأحرقوا في المعسكر.<ref>[https://www.nytimes.com/2004/08/16/world/un-demands-justice-after-massacre-of-150-refugees-in-burundi.html "U.N. Demands Justice After Massacre of 150 Refugees in Burundi"]. ''The New York Times''. 16-08-2004. اطلع عليه بتاريخ 29-06-2009.</ref> دعا المجلس مبعوث [[الأمم المتحدة]] في بوروندي إلى التحقيق في الحادث مع ممثلة الأمم المتحدة للكونغو، خطوة وظحت توسع تدخل الأمم المتحدة في الحرب الأهلية في بوروندي. بعد بضعة أشهر في ديسمبر، بدأت الأمم المتحدة والقوات الحكومية بنزع سلاح الآلاف من الجنود المتمردين السابقين في بوروندي.
