في عام 1997، تم تشخيص حالة كاش بمرض عصبي يدعى [[متلازمة شاي دراغر]]، وهو أحد اشكال [[مرض باركنسون]]. تغير التشخيص في وقت لاحق إلى [[اعتلال عصبي لا إرادي]] المرتبط بمرض [[السكري]]. أجبر هذا المرض كاش على أن يختصر جولاته. وتم إدخاله المستشفى في عام 1998 بسبب [[ذات الرئة]]، والذي دمر [[رئة|رئتيه]]. أظهرت ألبوماته "تسجيلات أمريكية 3: الرجل المعتزل" (2000) و"تسجيلات أمريكية 4: الرجل الذي جاء قريبًا" (2002) نظرة كاش التشاؤمية لمرضه في شكل أغاني أكثر تشاؤمًا. كما أظهر الفيديو الذي صدر لأغنية ناين إنش نايلز "هيرت" {{إنج|Hurt}}، نظرة كاش لماضيه وشعوره بالأسف. أصبح فيديو الأغنية معروفًا كأفضلبأنه كلماته الأخيرة،<ref>مجلة رولينج ستون، موسوعة الروك أند رول منرولينجمن رولينج ستون، 2004.</ref> ولقى إشادة خاصة من النقاد واستحسانًا شعبيًا.
توفيت [[جون كارتر]] في 15 مايو 2003، عن عمر يناهز الثالثة والسبعين، وطلبت جون من كاش الاستمرار في العمل، لذلك استمر في التسجيل وحتى أنه غنى في اثنين من الاستعراضاتعرضين في حظيرة عائلة كارتر خارج بريستول، [[ولاية فرجينيا|فيرجينيا]]. وفي حفلة 5 يوليو 2003 (آخر غناء عام)، وقبل أن يغني "حلقة النار"، قرأ كاش رواية له عن زوجته الأخيرة الراحلة الذي قد كتبها قبل وقت قصير من اعتلائه المسرح: {{اقتباس خاص|ستظلل روح جون كارتر علي الليلة بالحب الذي كان لديها لي والذي كان عندي لها. ونحن مرتبطان مع بعض في مكان ما بين الأرض والسماء. وقد أتت في زيارة قصيرة من السماء لتزورني الليلة وتمنحني الشجاعة والإلهام كما كانت تفعل دائمًا}}.
وعلى الرغم من سوء حالته الصحية، قال أنه يتطلع إلى اليوم الذي يتمكن فيه من المشي مجددًا ويقذف كرسيه المتحرك في النهر قرب منزله.
توفي جوني كاش بعد أقل من أربعة أشهر من وفاة زوجته، في 12 سبتمبر 2003، أثناء دخوله المستشفى في مستشفى بابتيست في مدينة ناشفيل. ودفن بجوار زوجته في حدائق هيندرسونفيل التذكارية بالقرب من منزله في هيندرسونفيل، [[ولاية تينيسي|تينيسي]].
في يونيو 2005، عُرض منزله على ضفاف بحيرة كايديل في هيندرسونفيل للبيع عن طريق ورثته. وفي يناير 2006، تم بيع المنزل لمغنيللمغني [[بيباري جيزغيب]] من فرقة [[باريبي غيبجيز]] وزوجته ليندا، وتم وضعه بسند ملكية في شركتهم فلوريدا ذات المسؤولية المحدودة بـ 2.3 مليون دولار أمريكي. وكان وكيل الورثة هو شقيق كاش الأصغر تومي كاش. ودمر المنزل حريق يوم 10 أبريل 2007.<ref>{{مرجع ويب| العنوان = Fire Reported at Johnny Cash Tenn. Home | المسار=http://www.sfgate.com/cgi-bin/article.cgi?f=/n/a/2007/04/10/entertainment/e130053D58.DTL | الناشر = San Francisco Chronicle | تاريخ الوصول = 2007-12-31}}</ref>
أحد التعاونات الأخيرة بين جوني كاش والمنتج ريك روبن، بعنوان ''تسجيلات أمريكية 5: مائة طريق سريعةسريع''، صدر بعد وفاته في 4 يوليو 2006. وبدأ الألبوم ظهوره بتصدره قائمة أفضل 200 ألبوم، للأسبوع المنتهى في 22 يوليو 2006.
في 26 فبراير 2010، الذي كان عيد ميلاد كاش الثامن والسبعين، قامت أسرة كاش وريك روبن وشركة لوست هايواي بإصدار الألبوم الثاني بعد موته ''تسجيلات أمريكية 6: لا يوجد قبر''.
