أقيمت حول الفيلا حراسة مشددة، وفرض على جميع من بالمنزل عدم الخروج في الفترة من [[الغروب]] إليإلى [[الشروق]]، وكان عليهم أن يغلقوا النوافذ في عز الصيف تجنبا لل[[صداع]] الذي يسببه الجنود، اعتاد الجنود أن يطلقوا [[الرصاص]] في منتصف الليل وفي [[الفجر]]، كانوا يؤخرون عربة نقل الأولاد إلى [[مدرسة|المدرسة]] فيصلون إليهم متأخرىنمتأخرين ولا تصل العربة إليهم في المدرسة إلا بعد مدة طويلة من انصراف كل من المدرسةفيها.
[[ملف:Nasser and Naguib, 1954.jpg|تصغير|محمد نجيب و[[جمال عبد الناصر]] في بدايات الثورة|right]]
كانت غرفته في فيلا المرج مهملة بها [[سرير]] متواضع يكاد يختفي من كثرة [[الكتب]] الموضوعة عليه، وكان يقضي معظم أوقاته في هذه الحجرة يداوم عليعلى قراءة الكتب المختلفة في شتيشتى أنواع العلوم، خاصة الطب والفلك والتاريخ، ويقول محمد نجيب: «هذا ما تبقي لي، فخلال الثلاثين سنة الماضية لم يكن أمامي إلا أن أصلي أو أقرأ [[القرآن]] أو أتصفح الكتب المختلفة».<ref>سامي رياض صـ 54</ref>
أثناء [[العدوان الثلاثي]] عليعليى [[مصر]] عام [[1956]] تم نقله من معتقل [[المرج]] إليإلى مدينة طما في [[سوهاج]] بصعيد مصر وقيل إنه كان من المقرر قتله في حاله دخول [[الإنجليز]] [[القاهرة]] وذلك بعد أن سرت إشاعهإشاعة قوية تقول إن [[إنجلترا]] ستسقط بعض جنود المظلات عليعلى فيلا زينب الوكيل في المرج لاختطاف محمد نجيب وإعادة فرضه رئيسا للجمهورية من جديد بدلا من الرئيس [[جمال عبد الناصر]] ولكن بعد فشل العدوان تم إعادته إلى معتقل المرج. وجرى التنكيل به حتى إن أحد الحراس ضربه على صدره في نفس مكان الإصابة التي تعرض لها في [[حرب 1948]] مما سببت في حزن عميق لدى محمد نجيب، وأثناء نكسة [[1967]] ارسلأرسل [[برقية]] ل[[جمال عبد الناصر]] يطلب منه السماح له بالخروج في صفوف [[الجيش]] باسم مستعار الاإلا انه لم يتلق أي رد منه.<ref>أحمد حمروش صـ 234</ref><ref>[http://naguib.bibalex.org/Biography5.aspx سيرة محمد نجيب - مكتبة الاسكندرية]</ref>