المسجد قديم العهد أثري البنيان، وبحسب الأسطورة الافغانيةالأفغانية هو مرقد [[علي بن أبي طالب]]، والدراسات التاريخية تقول ان صاحب المرقد هو '''[[علي بن أبي طالب البلخي]]''' "نقيب العلويين في بلخ في عصره<ref>ابن عنبة الحسني ، عمدة الطالب في انساب ابي طالب ، ص 303</ref><ref> ابن عنبة الحسني ، كتاب الفصول الفخرية ، ص 35</ref><ref>عبد الرزاق كمونة ، موارد الاتحاف في تاريخ الاشراف ، ص 76</ref><ref>أصول التاريخ والأدب ، مصطفى جواد ، مخطوط المجمع العلمي العراقي ، المجلد 34 ، ص 431</ref><ref>د.بكر السامرائي ، علي بن ابي طالب : هو صاحب الضريح في مزار شريف ، مجلة الفكر الاسلامي ، بغداد ، 1988 ، ص231.</ref><ref>survey of the Afghan people – Afghanistan in 2006“, The Asia Foundation, unterstützt durch U.S. Agency for International Development, Befragungen durchgeführt von Afghan Center for Socio-economic and Opinion Research (ACSOR), Kabul, 2006</ref>، ولقد قررت سلالة السلاجقة متمثلة بالسلطان أحمد سنجر إعادة بناء المسجد الأزرق لأول مرة في نفس موقعه، ثم تم تدمير المسجد على يد الغازي [[جنكيز خان]] في غزوه للمنطقة في حوالي عام [[1220]]م، وقد أعيد بناؤه في [[القرن الخامس عشر]] من قبل السلطان حسين ميرزا بيغراه.
