تعود جذور العلاقات بين قطر والسعودية منذ بداية القرن العشرين عندما طالبت السعودية بضم قطر لها باعتبارها جزءاً من إقليم الأحساء وبألحاحولكون قطر لم توقع إتفاقية حماية عسكرية انذآك . وبإلحاح من الجانب البريطاني تم الاعتراف بحدود قطر بعد ذلك بسنتين. ولم يقف إلى هذا الحد من قبل السلطات السعودية من هذا الاعتراف وذلك بعد تفجر الذهب الأسود في قطر وظلت هذه المشكلة مثار جدل حول أحقية قطر بالتنقيب عن نفطها بمساعدة الشركات الاجنبية وهو النزاع الذي التزمت به بريطانيا مع قطر وأيدته طيلة وجودها في منطقة الخليج العربي. وفي العام 1965 وقعت قطر والسعودية اتفاقا يقضي باتخاذ ترسيم الحدود بينهم.<ref>النظم السياسية العربية قضايا الاستمرار والتغيير(كتاب)الصفحة 182</ref>
===حادثة مركز الخفوس الحدودي 1992 ===
تطورت هذه العلاقة إلى ان تفاقمت منذ حادثة الخفوس عام 1992 حين زعمت الحكومة القطرية بأن بعض أفراد [[قبيلة آل مرة]] ساندتساندوا القوات السعودية وقامتالتي قامت بمواجهة القوة القطرية. وقد قيل حينذاك بأن الحادث يتزامن مع طرح قضية التجمع القبلي في المنطقة المتنازع عليها بين السعودية وقطر، حيث يتوزع أفراد القبيلة البدوية في المناطق الواقعة تحت سيادة البلدين وعدد كبير منهم يحمل الجنسية السعودية والقطرية قبل أن يتنازل أغلبهم لاحقاً عن الجنسية السعودية.
وقد حاولت السلطات السعودية احتواء الازمة في وقت لاحق عن طريق استرضاء بعض رجال قبيلة آل مرة واستمالة بعضهم المتواجدين في قطر. وبحسب الرواية القطرية، فإن السعودية عمدت إلى استغلال بعض أفراد القبيلة في عملية الانقلاب عام 19951996 ضد الحكومة القطرية الحالية بالتعاون مع الأمير السابق خليفة آل ثاني. والذي أدى إلى إسقاط جنسية وتهجير المئات من بعض رجال القبيلة إلى السعودية بحجة أن من يحمل الجنسية القطرية يجب أن يكون موالياً مائة بالمئة للعائلة الحاكمة في قطر . وتبقى مشكلة قبيلة آل مرة جزءا من الخلاف القطري السعودي ضمن ملفات أخرى لم تحسم بعد.<ref>تجليات العقل السياسى ومستقبل النظام العربى(كتاب)</ref>
