وقع السلطان في أسر رجل من بني مگيلد وأخذه إلى خيمته، ف«''أقبلت نساء الحي من كل جهة يفرحن ويضربن بالدفوف، ثم جعلن يتمسحن بأطرافه تبركا به وينظرن إليه إعجابا به حتى أضجرنه. ولما جاء رجال الحي أعظموا حلوله بين أظهرهم وأجلوه''». تصرف رجال آيت أومالو وكأنهم ليسوا المنتصرين بل جاؤوا إلى المولى سليمان معتذرين مستشفعين. ظل السلطان في أسره مدة ثلاثة أيام، حتى قادوه إلى مكان قريب من مكناس وأطلقوا سراحه
من بين أبنائه إبراهيم،إبراهيم بن سليمان، الوحيد الآهل للإمارة نظرا لعلمه وحنكته، لكنه توفي بفاس عام 1234هـ بسبب اصابته في الحرب التي لم يتعافى منها.<ref>[https://archive.org/stream/FP109801/109801#page/n2513/mode/2up موسوعة أعلام المغرب] [[محمد حجي]]، تاريخ الولوج 20 نوفبمر 2016</ref>
بقي السلطان عدة أشهر في عزلة بقصره، اهتزت خلالها صورته وخرجت كثير من مقاليد الحكم من بين يديه. وقد علق القنصل الفرنسي في طنجة حينها: «''إن جلالته يوجد في وضع غريب ومحرج تجاه رعاياه الذين بعد أن أسروه رافقوه إلى أبواب قصره بمكناس. إن التبجيل الذي يكنه هؤلاء لشخصه كشريف هو الشيء الوحيد الذي يضمن بقاءه كسلطان''».<ref>[http://zamane.ma/ar/%D8%B3%D9%84%D8%B7%D8%A7%D9%86-%D9%81%D9%8A-%D8%A3%D8%B3%D8%B1-%D8%B1%D8%B9%D9%8A%D8%AA%D9%87/ سلطان في أسر رعيته] زمان، خالد الغالي، تاريخ الولوج 20 نوفمبر 2016</ref> ويروي [[أحمد بن خالد الناصري|الناصري]] في [[الاستقصا لأخبار دول المغرب الأقصى|الاستقصا]]: «''كانت هذه الوقعة الفادحة سبب سقوط هيبة السلطان المولى سليمان من قلوب الرعية، فلم يمتثل له بعدها أمر في عصاتها حتى لقي لله تعالى''».
تمرد سكان فاس القديم وبايعو إبراهيم ابن مولايوبايعوا [[اليزيدإبراهيم بن محمداليزيد]]، بعد أن ظهر كتاب مزعوم منسوب للسلطان يعزل فيه نفسه ويأمرهم بالبحث عن أمير يسير شؤونهم، وعلى عكس فاس القديم تمسك أهل فاس الجديد ببيعة المولى سليمان، فحدث اقتتال وفتنة بين العدوتين توفي على اثرها المولى إبراهيم في [[4 جمادى الآخرة]] 1236هـ وبايعوا أخوه مولاي سعيد. حاصر المولى سليمان مدينة فاس حتى اشتد وضاق عليها الخناق فدخلها السلطان وأعطى الأمان لإبن أخيه سعيد ثم أصلح الأمور بين جيش الأوداية وأهل فاس، وكان ذلك في رجب [[1237هـ]].<ref>[https://books.google.es/books?id=FCJHCwAAQBAJ&pg=PA2512&lpg=PA2512&dq=%D8%B3%D8%B9%D9%8A%D8%AF+%D8%A8%D9%86+%D8%A7%D9%84%D9%8A%D8%B2%D9%8A%D8%AF+%D9%81%D8%A7%D8%B3+%D8%A7%D9%84%D8%B3%D9%84%D8%B7%D8%A7%D9%86+%D8%B3%D9%84%D9%8A%D9%85%D8%A7%D9%86&source=bl&ots=tNvfW5hroe&sig=kc6JMIQXWkSD-lOwTSSAXnQlxvQ&hl=es&sa=X&ved=0ahUKEwjr7Luk77zQAhXDtxoKHcCRBuIQ6AEIGzAA#v=onepage&q=%D8%B3%D8%B9%D9%8A%D8%AF%20%D8%A8%D9%86%20%D8%A7%D9%84%D9%8A%D8%B2%D9%8A%D8%AF%20%D9%81%D8%A7%D8%B3%20%D8%A7%D9%84%D8%B3%D9%84%D8%B7%D8%A7%D9%86%20%D8%B3%D9%84%D9%8A%D9%85%D8%A7%D9%86&f=false موسوعة أعلام المغرب. كاملاً لمحمد حجي - 8 - سنة 1237هـ ص 2512]</ref> ويروي الناصري أن السلطان في تلك الفترة «''سئم الحياة ومل العيش وأراد أن يترك أمر الناس لابن أخيه المولى عبد الرحمان بن هشام ويختلى هو لعبادة ربه إلى أن يأتيه اليقين''». فكتب خلال تلك الفترة [[وصي العرش|وصيته]] التي جاء فيها: «''الحمد لله، لما رأيت ما وقع من الإلحاد في الدين واستيلاء الفسقة والجهلة على أمر المسلمين...''»، ثم أوصى بالحكم من بعده لابن أخيه [[أبو الفضل عبد الرحمن بن هشام|عبد الرحمان]] لأنه: «''لا يشرب الخمر ولا يزني ولا يكذب ولا يخون ولا يقدم على الدماء والأموال بلا موجب''». وتوفي السلطان مولاي سليمان يوم الخميس [[13 ربيع الأول]] 1238هـ.<ref>[http://www.almarkaz.ma/Article.aspx?C=6199 أبو الربيع سليمان بن محمد بن عبد الله العلوي تـ1238هـ] مركز الأبحاث وإحياء التراث</ref>
