ويعتبر هيثم مصطفى من أكثر اللاعبين مشاركة مع المنتخب في السنوات الأخيرة، كما أنه حمل شارة القيادة لما يقرب من خمسعشرة سنوات، ومن إنجازاته مع المنتخب، الفوز بكأس شرق ووسط أفريقيا سيكافا للمنتخبات عام [[2006]] في إثيوبيا بعد الفوز على منتخبات كبيرة مثل يوغندا، كما قاد المنتخب لتصدر التصفيات العربية في لبنان والصعود إلى الأدوار النهائية، كما قاد المنتخب للوصول إلى نهائيات أمم أفريقيا بعد غياب دام لأكثر من 30 عاماً بإسهامه في وصول المنتخب إلى نهائيات غانا[[2008]].
