تدور العديد من التوقعات العظيمة حول استخدام [[هندسة وراثية|الهندسة الوراثية]] في إنتاج سلالاتٍ من الكائنات الحية المصممة خصيصاً للقيام بعمليات المعالجة الحيوية.<ref>{{cite journal | author=Lovley, DR | title=Cleaning up with genomics: applying molecular biology to bioremediation | journal=Nature Reviews. Microbiology. | year=2003 | volume=1 | issue=1 | pages=35 – 44 | pmid=15040178 | doi=10.1038/nrmicro731}}</ref> حيث تم تعديل بكتريا '' [[Deinococcusradiodurans]] '' (والتي تتسم بأنها أكثر كائنٍ عضويٍ [[مقامة الإشعاع|مقاومٍ للإشعاع]] {{إنج|Radioresistance}} معروفٍ فيما بيننا) لتتوافق مع وتهضم [[تولوين|التولوين]] [[زئبق|الزئبق]] المؤين والمتواجد في النفايات النووية عالية النشاط الإشعاعي.<ref>{{cite journal | author=Brim H, McFarlan SC, Fredrickson JK, Minton KW, Zhai M, Wackett LP, Daly MJ | title=Engineering Deinococcus radiodurans for metal remediation in radioactive mixed waste environments | journal=Nature Biotechnology | year=2000 | volume=18 | issue=1 | pages=85 – 90 | pmid=10625398 | doi=10.1038/71986}}</ref>
إلا أن مثل تلك العملية يُساء فهمها على نطاقٍ شائعٍ. فالميكروبات متواجدةٌ بصورةٍ دائمةٍ في أي إطارٍ تتاح فيه، ويتم الإشارة إليها عموماً على أنها "سلالاتٍ بكتيريةٍ طبيعيةٍ". هذا وفي أثناء عمليات المعالجة الحيوية الأخرى (عملية [[تحلل حيوي|التحلل الحيوي]])، يتم إضافة المكملات من المخصبات/ المغذيات للبيئة، في جهودٍ هادفةٍ إلى مضاعفة إمكانية الإنتاج والنمو. إلا أن من المعتقدات الخاطئة أن الميكروبات تنتقل أو تتفرق وتتناثر في بيئةٍ خالصةٍ أصليةٍ.
