كانت المنطقة التي تحوي الكنيسة، قد شهدت عدة مظاهرات منذ بداية [[أحداث سوريا 2011-2012|الانتفاضة الشعبية]] عام [[2011]]، واحتمىواستولى فيهاعليها عدد من أعضاء [[الجيش السوري الحر]] . خلال [[قصف حمص (فبراير 2012)|قصف حمص]] الذي تمّ في [[فبراير]] [[2012]] قصفت منطقة الحميديّة بالمدفعيّة الثقيلة وتعرضت الكنيسة لأضرار خارجيّة كما احترق عدد من المحلات المجاورة نتيجة قذائف الهاون، ونشر العديد من الفيديوهات على موقع [[يوتيوب]] تصوّر احتراق المحال والمنازل والتخريب الذي أصاب الكنيسة نتيجة المعارك سيّما بعد اضطرار الجيش الحر الانسحاب من المنطقة نحو منطقة الخالدية التي تقع شمالها، في حين نفت المطرانية أن تكون الكنيسة بحد ذاتها قد نهبت أو أن يكون الزنار قد سرق وقالت أن الأضرار في الكنيسة بحد ذاتها خارجيّة؛ في حين بثّت وسائل إعلام ومواقع موالية للنظام السوري الخبر محملة "العصابات الإرهابية المسلحة" المسؤولية عمّا حدثخارجيّة. في [[27 فبراير]] تمكن الجيش الحر من بسط سيطرته على المنطقة التي نزح منها بنتيجة القصف والمعارك أغلب سكانها غير أن [[الجيش السوري]] استطاع إعادة السيطرة بعد يومين.{{غير موثق|7|04|2012}} وتم ترميم الاضرار التي لحق بالكنيسة بالتعاون مع الحكومة السورية ، بعد سيطرة الجيش السوري على كامل المنطقة.
