سميت المحافظة بهذا الاسم نسبة إلى الشيخ [[طلحة أبي سعيد بن مدين التلمساني]] المغربي الاصل الذي قدم إليها سنة 600 هجرية ودفن بها بالضريح المقام بمدينة كفر الشيخ.
في العربية كلمة كفّر تعني القَرْيَةُ و هي كلمة عبرية الأصل. "ولهذا قالوا: كَفْرُ تُوثا، وكَفْرُ تِعْقابٍ وغير ذلك، وإنما هي قرًى نسبت إلى رجالٍ[6]". وتطلق كفر على القرية الصغيرة الدائرية. وعندما اتى طلحة التلمساني إليها قادماً من بلاد المغرب. استقر في القرية الصغيرة التي كانت تدعى آنذاك دنيقون سنة 600 هـ. والذي عاش بها 31 سنة وعندما توفي سنة 631 هـ دفن بها. ولاعتقاد سكان تلك المنطقة "بركته" اسُس له اهل تلك القرية الصغيرة "ضريح" ومنذ ذلك الوقت، اشترهت قرية دنيقون بكفرالشيخ طلحة. وفي عصر الملك فؤاد الأول ملك مصر، اقام الملك بها قصراً له كنوع من أنواع الاستجمام باعتبارها بعيدة عن المدن. وسماها الفؤادية، واستمرت على تلك التسمية طوال فترة حكم ولده، الملك فاروق الأول. وعند قيام الثورة. قررت قيادة الثورة إرجاع اسم كفر الشيخ إلى المدينة، من دون "طلحة" كنوع من أنواع الاختصاروتكظ المدينة بالكثير من الاشراف الهاشميون والأمويين القادمين من المغرب الأقصى والذي استوطنوا تلك البلدة وما حولها.
