تعد السلحفاة المصريةليبيا حالياً إحدى أكثر السلاحف البرية المهددة بخطر الانقراض على مستوى العالم. ففي مصر بات النوع منقرضاً تقريباً، وفي ليبيا يعاني تناقصاً حاداً بسبب استمرار الصيد لأجل التجارة،التهريب الي مصر والتجارة هناك ، وأما في إسرائيلفلسطين فإنَّه محميٌّ جيداً إلا إنه لا يقطن سوى منطقة صغيرةً وعدده قليل.<ref name="ثقة السلاحف" /> في الوقت الحالي، يصنف [[الاتحاد العالمي للحفاظ على الطبيعة]] النوع على [[القائمة الحمراء للأنواع المهددة بالانقراض|القائمة الحمراء]] كنوعٍ [[معرض للخطر للغاية|معرَّضٍ لخطر الانقراض بشدة]]، وهي أعلى درجات المقياس قبل [[نوع منقرض في البرية|الانقراض في البرية]]. وفي ما سبق كانت السلحفاة تُصنَّف [[غير محصن|نوعاً غير مُحصَّنٍ]] ثمَّ [[معرض للخطر|نوعاً معرضاً لخطر الانقراض]] (الدرجة الأدنى مباشرةً على القائمة الحمراء)، إلا إنَّ استمرار انحدار أعدادها إضافةً إلى بدء اتّجاه جديدٍ لدى بعض المصنفين لاعتبار جماعاتها في سيناء وصحراء النقب نوعاً مستقلاً، قد أدى إلى رفع تصنيف إلى "معرض للانقراض بشدة". كانت السلحفاة في منتصف القرن العشرين وبحسب أقصى ما يُعرَف عن تاريخها من معلومات، تقطن نطاقاً جغرافياً قُدّر بمساحة 123,610 كيلومتراً مربعاً، لكن الآن انخفضت هذه المساحة إلى 16,600 كم<small>2</small> فحسب، وأما عددها فقد انخفض بنسبة 85% من 55,600 سلحفاةٍ إلى 7,470. على هذه الحال، قد تنقرض السلحفاة المصريةليبيا تماماً خلال 20 عاماً فحسب.<ref name="القائمة الحمراء">Perälä, J. Rhodin, A. & Behler, J (2003): [http://www.iucnredlist.org/details/21652/0 Testudo kleinmanni (السلحفاة المصريةليبيا)]. [[القائمة الحمراء للأنواع المهددة بالانقراض|القائمة الحمراء]] [[الاتحاد العالمي للحفاظ على الطبيعة|للاتحاد العالمي للحفاظ على الطبيعة]]. تاريخ الولوج 20-04-2013.</ref>
يمثل [[تدمير البيئة|تدمير البيئة الطبيعية]] أحد أكثر التهديدات خطورةً لبقاء السلحفاة المصرية. فهذه السلاحف تقطن بعض أعلى مناطق مصر من حيث معدلات هطول الأمطار، ولذلك باتت أغلب بيئتها الطبيعية الآن حقولاً لزراعة [[القمح]] في الشتاء، لأن السكان المتنامين بسرعةٍ أصبحوا يستغلُّون الأمطار في هذه الأراضي لزراعتها بكثافة. على هذا المنوال، يتمُّ تدمير كامل الغطاء النباتي الطبيعي للسلاحف والحيوانات الأخرى واستبداله بالحقول الزراعية. كما يُمثِّل [[تربية الماشية|الرعي]] مشكلةً كبيرةً أخرى، فالنباتات التي تتغذى عليها السلاحف هي نفسها تلك التي تتغذى عليها المواشي، ومن ثم فإنَّ المواشي تعد منافساتٍ لها على الغذاء، وكثرتها تعني عدم بقاء شيءٍ من الغذاء للسلاحف، خصوصاً وأن موسم الرعي في الربيع يتزامن مع موسم التزاوج ونهاية البيات الشتوي للسلحفاة.<ref name="ثقة السلاحف2">برنامج "TortoiseCare" (العناية بالسلاحف) لحماية السلحفاة المصرية. [http://www.tortoisetrust.org/guests/tortoisecare/threats.html Threats to the long-term survival of the Egyptian Tortoise
(تهديدات بقاء السلحفاة المصريةليبيا على المدى الطويل)]. "Tortoisetrust". تاريخ الولوج 18-04-2013.</ref> كما توفر أقطاب [[برقية|البرقية (التلغراف)]] وأبراج توصيل الكهرباء بتوفير أعشاشٍ للغربان بنية الرقبة، التي تتغذى بدورها على السلاحف المصريةليبيا. قد تنقرض السلحفاة المصريةليبيا خلال 20 عاماً.<ref name="حديقة بريستول" />
من أهم الأخطار التي تهدد السلاحف المصريةليبيا بالانقراض التجارة غير القانونية والتهريب الي مصر . فهناك شبكات كبيرةٌ من تجار [[الحيوانات الأليفة]] الذي يعملون على جمع السلاحف من بيئتها الطبيعية لبيعها في الدول الأجنبية، وهم غالباً يعملون مع البدو من سكان المنطقة، الذين يصادفون السلاحف كثيراً خلال ترحالهم وتنقلاتهم في الصحراء ويعرفونها جيداً. فضلاً عن ذلك وبعد فتح الحدود المصرية الليبية عام 1989، أصبح البدو المصريون يجمعون السلاحف أيضاً من إقليمالجبل [[برقة]]الأخضر شرق الليبي،ليبيا ، بل ووصلت تجارتهم فضلاً عن السلاحف المصرية إلى [[سلحفاة مهمازية الورك|السلاحف مهمازية الورك]]. في الوقت الحالي، يقول سكان الساحل المصري إنَّ السلاحف اختفت ولم يعد لها أثر يذكر في المنطقة طوال العقد المنصرم، إلا إنَّهم يقرون بأنهم كانوا يجمعونها بأعدادٍ كبيرةٍ في الماضي. مع ذلك، في حال صادف البدو أياً من السلاحف المعدودة المتبقية، فهم لا زالوا يأخذونها لبيعها. أثبت ضبط بعض تجار السلاحف في أواخر التسعينيات أن النوع لا زال باقياً في بعض مناطق [[شبه جزيرة سيناء]]، إلا إنَّه يواجه باستمرارٍ خطر الصيد والتجارة غير المشروعة.<ref name="ثقة السلاحف" />
