مع بداية [[انتفاضة الأقصى]] عام 2000 بدأ نشاط قوات المقاومة الشعبية بمهاجمة دوريات الاحتلال وبتفجير العبوات الناسفةعبوات ومهاجمة المستوطنات الإسرائيلية وتفجير السيارات المفخخة في المدن الإسرائيلية ومهاجة الحواجز العسكرية الإسرائيلية كما أنها أول من أطلق قذائف هاون من أرض قطاع غزة عام 2001. في عام 2001 اغتيل أمين عام الجبهة الشعبية لتحرير فلسطين [[أبو علي مصطفى]] وتم تغيير اسمها من "قوات المقاومة الشعبية" إلى "كتائب الشهيد أبو علي مصطفى" وقامت بالرد والانتقام بعد 40 يوم حيث قامت الكتائب [[اغتيال رحبعام زئيفي|باغتيال وزير السياحة الإسرائيلي رحبعام زئيفي]] [[تفجير نحل عوز|وبتفجير موقع نحل عوز العسكري الإسرائيلي]] كرد على إغتيال أبو علي مصطفى، في [[انتفاضة الأقصى]] نشطت في مواجهت الاحتلال الإسرائيلي وخاضت ضده عدة معارك أشهرها معركة مخيم العين. وفي [[الهجوم على قطاع غزة|العدوان على غزة]] كان لها دور كبير في التصدي للاحتلال.
دخلت كتائب أبو علي مصطفى أحياناً في مصادمات مع قوات [[الجيش الفلسطيني|قواتأمن السلطة الفلسطينية]] بسبب عدم التزام الكتائب بالتهدئة مع الاحتلال الإسرائيلي التي كانت تفرضها السلطة على بقية فصائل المقاومة. وفي عام 2006، وقعت اشتباكات بين كتائب أبو علي مصطفى وقوات [[السلطة الفلسطينية]] في عدة مدن فلسطينية في الضفة الغربية [[معركة سجن أريحا|بعد اعتقال أحمد سعدات من سجن أريحا]].
