هاجر أجداد الخميني من موطنهم الأصلي [[نيسابور]] الواقعة في الشمال شرق [[إيران iran ]]. إلى [[مملكة عودة]] الواقعة في شمال [[الهند]] والتي كان يحكمها حاكم شيعي من أصول فارسية<ref>http://books.google.nl/books?id=ntarP5hrza0C&pg=PA8&dq=awadh+persian&hl=nl#v=onepage&q=awadh%20persian&f=false</ref>. وقد كانت دولة عودة تجذب علماء الفارسية والشعراء والمهندسين والفقهاء وغيرهم من العلماء. أستقرت العائلة المهاجرة في قرية صغيرة تدعى [[كنتور]] قريبة من العاصمة [[لكناو]]<ref>http://iranian.com/Books/1999/June/Khomeini/index.html</ref><ref>http://books.google.iq/books?id=rNrMilgHKKEC&pg=PA199&lpg=PA199&dq=Seyyed+Ahmad+Musavi+Hindi&source=bl&ots=Sp3QTqX2Id&sig=jPhXf-pkhPqgHuRiYOrbHtEwQNE&hl=en&ei=ZdA6TLPRN4KClAeS-L3SBw&sa=X&oi=book_result&ct=result&redir_esc=y#v=onepage&q=Seyyed%20Ahmad%20Musavi%20Hindi&f=false</ref>. جد الخميني [[سيد أحمد الموسوي الهندي]] ولد في كنتور وكان معاصرا لاية الله [[حامد حسين الكنتوري اللكهنوي]]. وبسبب الانتشار البريطاني في الهند أضطر سيد أحمد لمغادرة الهند عام 1830 م إلى مدينة [[النجف]] العراقية حيث مرقد [[الامام علي بن ابي طالب]] بلا رجعة. في عام 1834 م غادر سيد أحمد النجف ليتجه إلى فارس. ليستقر عام 1839 م في مدينة [[خمين]]. تزوج في خمين لاحقا فأنجب ثلاثة بنات وثلاثة أبناء وأحدهم كان السيد مصطفي أب الإمام الخميني. تزوج السيد مصطفي نحو 1882 م مع هاجر آغاخانم بنت آقا ميرزا احمد وهو من مدينة [[خوانسار]]. وكان أحد أولادهم السيد روح الله الخميني<ref>http://navideshahed.com/ar/index.php?Page=definitionnews&UID=353266</ref>.
