بعد نقل الخلايا الجذعية لن يكون جسم المريض قادراً علي إنتاج خلايا الدم (الكريات البيضاء ، لحمراءالحمراء والصفائح ) بعدمباشرة زراعة نخاع العظم مباشرة. تحتاج الخلايا الجديده الي مدة من الوقت حتي تنمو داخل جسمه، وهذه المدة تختلف من مريض إلي أخر وتستغرق في العادة ما بين الأسبوعين١٤ الى ثلاثة٢١ أسابيعيوم . خلال فترة انعدام الخلايا {{إنج | aplasia }} يشعر المريض بالتعب والضعف ويكون عرضة للالتهابات. يتم يومياُ سحب الدم لفحص عدد الخلايا في الدم. وعند الحاجة يتم نقل الكريات الحمراء والصفائح للمريض . في حالة حصول التهابات يتم اضافة مضادات حيوية . ومن المهم في هذه الفترة تناول السوائل والتغذية المناسبة قدر المستطاع لأنها تعتبر جزاءً هاماً من العلاج والمساعدة في الشفاء.
