عام 2003 تعرضت هذه الكلية إلى تدمير شامل شانها شان أغلب معسكرات الجيش العراقي حيث نهبت محتوياتها واحرقت بناياتها على ايدي الجماعات المسلحة والسراق واستباح عدد من العوائل مجهولة الاصل ابنيتها واتخذوها كدور سكنية بعد أن حلت هذه المؤسسة مثل حال باقي وحدات الجيش العراقي وحتى العام 2005 حيث اعيد تشكيلها وتأهيلها على ايدي بعض ضباط الجيش وبمعاونة ومساعدة مادية من حلف شمال الاطلسي (NATO)غير ان الحالة السياسية للعراق وافرازاتها وصلت أيضاً لهذه المؤسسة العريقة واثرت سياسة الاقصاء والخوف من الخبرات والقدرات التي تحويها في احداث تغييرات مختلفة على طبيعة الدراسة في الكلية بالرغم من أن الكلية هي واحدة من القليل من المؤسسات العراقية التي لم تصلها سياسة التمييز العرقي أو الطائفي نظرا لوعي وثقافة وادراك منتسبيها.
في العام 2009 تم تغيير اسمها من كلية الاركان المشتركة إلى كلية القيادة والاركان المشتركة بعد أن قام بذلك الفريق الركناللواءالركن محمد ثامر جوهر (وهو من اهم الذين قاموا بخدمة الجيش العراقي من خلال المناصب التي تسلم قيادتها)حيث قام باستحداث دورات القيادة ويعتبر هذا الانجاز مهما جدا في تاريخ هذا المعلم العسكري والصرح الشامخ لتأهيل قادة اكفاء مهنيين لقيادة صنوف الجيش العراقي لتضم إضافة إلى دورات الاركان المشتركة دورات التأهيل للضباط الاحداث والتي بدورها تعتبر بداية السلم الذي يرتقي به الضابط للدخول إلى دورات الاركان وتعلم أساسيات العلم العسكري والتي كانت تضطلع بها كلية القيادة الملغاة، حيث ان مدة الدورة ثلاث اشهر وبواقع ثلاث دورات في السنة. تتألف الكلية القيادة والاركان المشتركة من عدد من الاقسام (البري، البحري، الجوي ،التدريب والتصميم، القيادة، الإداري، البحوث والدراسات) ويحاضر فيها خيرة ضباط الجيش العراقي وخاصة ضباط الركن الحاصلين على المراتب الأولى على دوراتهم والضباط الاكفاء من خريجي دورات الاركان في بعض الكليات العربية والعالمية العريقة مثل كلية القيادة والاركان الملكية الأردنية والولايات المتحدة وبريطانيا واستراليا وألمانيا والباكستان وهؤلاء يعتبرون مراجع وهيئة استشارية وخبرة علمية لا يستهان بها ويصعب ايجاد بدلاء لهم حاليا بالرغم من اغفال وزارة الدفاع لهذا الامر.في العام 2012 عادت كلية القيادة والاركان إلى دورها التأريخي بعد أن تسنم العميد الركن عباس عبد الحسن مسؤولية قيادتها وهو الشخص الذي كان من بين النخبة التي تستحق قيادة هذه المؤسسة العريقة بالرغم من كل المعوقات..............
