واجهت فكرة الإلحاد جدارا صعب الاختراق في بداية انتشار الفكرة أثناء الاستعمار الأوروبي لعدد من الدول الإسلامية. ويعتقد معظم المستشرقين والمؤرخين إن الأسباب التالية لعبت دورا مهما في صعوبة انتشار فكرة الإلحاد الحقيقي في العالم الإسلامي حتى يومنا هذا<ref>[http://www.amazon.com/gp/product/0345384563/104-5969111-0270308?v=glance&n=283155]</ref>:
*قلة أعداد العلماء وضعف المستوى التعليمي في العالم العربي والإسلامي بشكل عام, حيث أشارت دراسة نُشرت في مجلة Nature أن الغالبية العظمى من العلماء والعباقرة ملحدون, وأن نسبة التدين انخفضت بين العلماء من 27% عام 1914 إلى 7% عام 1998.<ref name="Larson1998">{{cite journal
* طبيعة [[علم الاجتماع|المجتمع]] الشرقي الذي هو عبارة عن مجتمع جماعي بعكس المجتمع الأوروبي الذي يتغلب عليه صفة الانفرادية فالإنسان الشرقي ينتمي لمجتمعه وأي قرار يتخذه يجب أن يراعي فيه مصلحة مجموعة أخرى محيطة به قبل مصلحته أو قناعته الشخصية فالإنسان الغربي لديه القدرة على إعلان الإلحاد كقرار فردي بعكس الإنسان الشرقي الذي سيصبح معزولا عن أقرب المقربين إليه إذا أعلن الإلحاد.
*
بعد إسقاط [[الإمبراطورية العثمانية]] حاول [[مصطفى كمال أتاتورك]] (1881 - 1938) بناء دولة [[علمانية]] وإلحاق [[تركيا]] بالمجتمع الأوروبي فقام بإغلاق جميع المدارس الإسلامية وشملت المحاولة منع ارتداء العمامة أو رموز أخرى فيها إشارة إلى [[دين|الدين]]. في [[إيران]] تأثر الشاه [[رضا خان]] الذي حكم من 1925 إلى 1941 بمبادرة أتاتورك فقام بمنع الحجاب وأجبر رجال الدين على حلق لحاهم وقام بمنع مواكب العزاء أثناء [[عاشوراء]] ولكن هذه المحاولات لكونها مفاجئة وقهرية ومعارضة للإسلام الذي ظل منتشراً لأكثر من ألف عام كانت لها نتائج عكسية، أما فكرة الإلحاد التي انتشرت في [[أوروبا]] فقد كانت موجهة ضد تدخل [[الكنيسة الرومانية الكاثوليكية|الكنيسة الكاثوليكية]] في [[سياسة|السياسة]] والعلم، ولم تكن لها نظرة شمولية عن الأديان الأخرى.
