ليس هناك أدلة من كتب المعاصرين القدامى المختصة [[علم الرجال|بعلوم الرجال]] تدعي بإلحاد أو زندقة أبو بكر الرازي، أما في العصر الحديث فقد ظهرت عدة ادعاءات بكونه كان ملحدا بحجة انهأنه كان له مؤلفات ناقدة للأديان والأنبياء، وفي الغالب تعد تلك المؤلفات ملفقة، حيث أن المؤلفات المنسوبة إليه تحت مسميات «مخارق الانبياء» و«حيل المتنبيين» و«نقض الأديان» غير معروفة بمصنفاته، وغالباً ما تم تلفيق تلك العناوين له من قبل المستشرقين، حيث أن أشهر كتبه مثل «إن للعبد خالقا» و«طبقات الأبصار» و«الطب الروحاني» تؤكد إسلامه.<ref>[https://www.qdl.qa/العربية/archive/81055/vdc_100030447153.0x000002 فهرست كتب محمد بن زكريا الرازي المتطبب وأغراضها] {{Webarchive|url=https://web.archive.org/web/20170607224557/http://www.qdl.qa:80/العربية/archive/81055/vdc_100030447153.0x000002 |date=7 يونيو 2017}}</ref><ref>[https://archive.org/details/fakhruldin-alrazi الإمام فخرالدين الرازى ومصنفاته] {{Webarchive|url=https://web.archive.org/web/20191216214448/https://archive.org/details/fakhruldin-alrazi |date=16 ديسمبر 2019}}</ref>
قال عنه [[شمس الدين الذهبي|الامام الذهبي]] في [[سير أعلام النبلاء]]:
