ويكيبيديا

اكتشاف خط أنابيب الزخارف الجينية

اكتشاف خطوط الأنابيب بين الجينات DIMPL إن خطوط الأنابيب بين الجينات عبارة عن خط أنابيب للمعلومات الحيوية يتيح استخراج واختيار المناطق الجينية الغنية بالبكتيريا GC (IGRs) المخصبة للـ RNAs المنظمة غير المشفرة (ncRNAs).[1]

  • تم الإبلاغ عن طريقة إثراء IGRs البكتيرية لاكتشاف عزر ncRNA لأول مرة لدراسة «اكتشاف الجينوم على نطاق واسع لـ RNA منظم غير مشفر في البكتيريا». يعمل خط أنابيب DIMPL على أتمتة عملية تحليل الجينوم الكلي عن طريق استخراج IGRs ، وتصفيتها حسب الطول وتكوين الحمض النووي، وجمع البيانات اللازمة لتحديد الأشكال المرشحة وتعيين وظائفها المحتملة. يوفر خط أنابيب DIMPL تقنيات قابلة للتكرار لتحديد المناطق الجينومية المخصبة لـ ncRNA[2] من خلال مصنفات آلة ناقلات الدعم (SVM).
  • يمكن استخدامه للبحث عن زخارف الحمض النووي والبروتين [3]، بما في ذلك العناصر الشبيهة بالريبوسويتش، وإطارات القراءة المفتوحة المنبثقة (uORFs)، وإطارات القراءة المفتوحة القصيرة (sORFs)، وتسلسلات زعيم البروتين الريبوزومي، والعناصر الجينية الأنانية وأشكال الحمض النووي الريبي المنظمة الأخرى المجهولة وظيفة. يستخدم DIMPL مصادر مختلفة لتحليل التسلسل، بما في ذلك: قاعدة بيانات Rfam [4] كمرجع لعائلات الحمض النووي الريبي المعروفة كأداة بحث BLASTX ، [5] للتخلص من مناطق ترميز البروتين غير المشروحة الحزمة [6][7] INFERNAL للبحث في تسلسل IGS CMfinder ،[8] للبحث عن ميزات بنية ثانوية محتملة للحمض النووي الريبي برنامج R-scape][9] وخوارزمية رسم [10] R2R ، لتوليد نموذج الإجماع [11] RNAcode ، للبحث عن وجود مناطق الترميز عرض الجينوم،[12] لتصور السياق الجيني لعزر الحمض النووي الريبي تم اكتشاف أشكال RNA باستخدام DIMPL تشمل HMP-PP riboswitch ، icd-II ncRNA ، عزر carA ncRNA .عزر ldh2 ncRNA ،[13] من بين أمور أخرى.

المراجع عدل

  1. ^ Brewer، Kenneth I.؛ Greenlee، Etienne B.؛ Higgs، Gadareth؛ Yu، Diane؛ Mirihana Arachchilage، Gayan؛ Chen، Xi؛ King، Nicholas؛ White، Neil؛ Breaker، Ronald R. (10 مايو 2021). "Comprehensive discovery of novel structured noncoding RNAs in 26 bacterial genomes". RNA Biology. ج. 18 ع. 12: 2417–2432. DOI:10.1080/15476286.2021.1917891. ISSN:1555-8584. PMID:33970790. S2CID:234361097. مؤرشف من الأصل في 2021-10-22.
  2. ^ Brewer، Kenneth I.؛ Gaffield، Glenn J.؛ Puri، Malavika؛ Breaker، Ronald R. (15 سبتمبر 2021). "DIMPL: a bioinformatics pipeline for the discovery of structured noncoding RNA motifs in bacteria". Bioinformatics (Oxford, England): btab624. DOI:10.1093/bioinformatics/btab624. ISSN:1367-4811. PMID:34524415. مؤرشف من الأصل في 2021-11-01.
  3. ^ Stav، Shira؛ Atilho، Ruben M.؛ Mirihana Arachchilage، Gayan؛ Nguyen، Giahoa؛ Higgs، Gadareth؛ Breaker، Ronald R. (22 مارس 2019). "Genome-wide discovery of structured noncoding RNAs in bacteria". BMC Microbiology. ج. 19 ع. 1: 66. DOI:10.1186/s12866-019-1433-7. ISSN:1471-2180. PMC:6429828. PMID:30902049.{{استشهاد بدورية محكمة}}: صيانة الاستشهاد: دوي مجاني غير معلم (link)
  4. ^ Kalvari، Ioanna؛ Nawrocki، Eric P.؛ Argasinska، Joanna؛ Quinones-Olvera، Natalia؛ Finn، Robert D.؛ Bateman، Alex؛ Petrov، Anton I. (5 يونيو 2018). "Non-Coding RNA Analysis Using the Rfam Database". Current Protocols in Bioinformatics. ج. 62 ع. 1: e51. DOI:10.1002/cpbi.51. ISSN:1934-340X. PMC:6754622. PMID:29927072.
  5. ^ Camacho، Christiam؛ Coulouris، George؛ Avagyan، Vahram؛ Ma، Ning؛ Papadopoulos، Jason؛ Bealer، Kevin؛ Madden، Thomas L. (15 ديسمبر 2009). "BLAST+: architecture and applications". BMC Bioinformatics. ج. 10: 421. DOI:10.1186/1471-2105-10-421. ISSN:1471-2105. PMC:2803857. PMID:20003500.{{استشهاد بدورية محكمة}}: صيانة الاستشهاد: دوي مجاني غير معلم (link)
  6. ^ Mandiwanza، Tafadzwa؛ Kaliaperumal، Chandrasekaran؛ Mulligan، Linda؛ Ryan، Elizabeth؛ Looby، Seamus؛ Caird، John؛ Brett، Francesca (20 فبراير 2017). "Child with radiologically recurrent thalamic tumor". Brain Pathology. ج. 27 ع. 2: 239–240. DOI:10.1111/bpa.12490. ISSN:1015-6305. PMC:8029015. PMID:28217956.
  7. ^ Nawrocki، Eric P.؛ Eddy، Sean R. (15 نوفمبر 2013). "Infernal 1.1: 100-fold faster RNA homology searches". Bioinformatics (Oxford, England). ج. 29 ع. 22: 2933–2935. DOI:10.1093/bioinformatics/btt509. ISSN:1367-4811. PMC:3810854. PMID:24008419.
  8. ^ Yao، Zizhen؛ Weinberg، Zasha؛ Ruzzo، Walter L. (15 فبراير 2006). "CMfinder--a covariance model based RNA motif finding algorithm". Bioinformatics (Oxford, England). ج. 22 ع. 4: 445–452. DOI:10.1093/bioinformatics/btk008. ISSN:1367-4803. PMID:16357030. مؤرشف من الأصل في 2022-01-21.
  9. ^ Rivas، Elena؛ Clements، Jody؛ Eddy، Sean R. (7 نوفمبر 2016). "A statistical test for conserved RNA structure shows lack of evidence for structure in lncRNAs". Nature Methods. ج. 14 ع. 1: 45–48. DOI:10.1038/nmeth.4066. ISSN:1548-7105. PMC:5554622. PMID:27819659.
  10. ^ Weinberg، Zasha؛ Breaker، Ronald R. (4 يناير 2011). "R2R--software to speed the depiction of aesthetic consensus RNA secondary structures". BMC Bioinformatics. ج. 12: 3. DOI:10.1186/1471-2105-12-3. ISSN:1471-2105. PMC:3023696. PMID:21205310.{{استشهاد بدورية محكمة}}: صيانة الاستشهاد: دوي مجاني غير معلم (link)
  11. ^ Washietl، Stefan؛ Findeiss، Sven؛ Müller، Stephan A.؛ Kalkhof، Stefan؛ von Bergen، Martin؛ Hofacker، Ivo L.؛ Stadler، Peter F.؛ Goldman، Nick (28 فبراير 2011). "RNAcode: robust discrimination of coding and noncoding regions in comparative sequence data". RNA (New York, N.Y.). ج. 17 ع. 4: 578–594. DOI:10.1261/rna.2536111. ISSN:1469-9001. PMC:3062170. PMID:21357752.
  12. ^ Abeel، Thomas؛ Van Parys، Thomas؛ Saeys، Yvan؛ Galagan، James؛ Van de Peer، Yves (18 نوفمبر 2011). "GenomeView: a next-generation genome browser". Nucleic Acids Research. ج. 40 ع. 2: e12. DOI:10.1093/nar/gkr995. ISSN:1362-4962. PMC:3258165. PMID:22102585.
  13. ^ Brewer، Kenneth I.؛ Greenlee، Etienne B.؛ Higgs، Gadareth؛ Yu، Diane؛ Mirihana Arachchilage، Gayan؛ Chen، Xi؛ King، Nicholas؛ White، Neil؛ Breaker، Ronald R. (10 مايو 2021). "Comprehensive discovery of novel structured noncoding RNAs in 26 bacterial genomes". RNA Biology. ج. 18 ع. 12: 2417–2432. DOI:10.1080/15476286.2021.1917891. ISSN:1555-8584. PMID:33970790. S2CID:234361097. مؤرشف من الأصل في 2021-10-22.


 

هذه بذرة مقالة عن بروتين بحاجة للتوسيع. فضلًا شارك في تحريرها.

مجلوبة من «https://ar.wikipedia.org/w/index.php?title=اكتشاف_خط_أنابيب_الزخارف_الجينية&oldid=66690100»