مستخدم:Suhair yasser -1997/قاعدة بيانات حيوية
قواعد البيانات البيولوجية هي مكتبات معلومات علوم الحياة، التي تم جمعها من التجارب العلمية، والأدب المنشور، وتكنولوجيا التجارب عالية الإنتاجية، والتحليل الحسابي. [الحاجة إلى الاستشهاد] وهي تحتوي على معلومات من مجالات البحوث بما في ذلك الجينوم، والبروتيوميات، والميكروبات، والتعبير الجيني للميكروراي، وعلم الوراثة. وتشمل المعلومات الواردة في قواعد البيانات البيولوجية وظيفة الجينات، وهيكلها، وتوطينها (الخلوية والكرموسومات على حد سواء)، والآثار السريرية للطفرات، فضلا عن أوجه التشابه بين التسلسلات والهياكل البيولوجية.
يمكن تصنيف قواعد البيانات البيولوجية على نطاق واسع في قواعد بيانات تسلسلية وهيكلية ووظيفية. يتم تخزين الحمض النووي وتسلسل البروتين في قواعد بيانات تسلسل وقواعد بيانات هيكل تخزين هياكل المحلاة من الحمض النووي والبروتينات. قواعد البيانات الوظيفية توفر معلومات عن الدور الفسيولوجي للمنتجات الجينية، على سبيل المثال أنشطة الانزيم، والأنماط الظاهرية المتحولة، أو المسارات البيولوجية. قواعد بيانات الكائنات الحية النموذجية هي قواعد بيانات وظيفية توفر بيانات خاصة بالأنواع. قواعد البيانات هي أدوات هامة في مساعدة العلماء على تحليل وشرح مجموعة من الظواهر البيولوجية من بنية الجزيئات الحيوية وتفاعلها ، إلى عملية التمثيل الغذائي بأكمله للكائنات الحية وفهم تطور الأنواع. وتساعد هذه المعرفة على تيسير مكافحة الأمراض، وتساعد في تطوير الأدوية، والتنبؤ ببعض الأمراض الوراثية، واكتشاف العلاقات الأساسية بين الأنواع في تاريخ الحياة.
وتتوزع المعارف البيولوجية بين العديد من قواعد البيانات العامة والمتخصصة المختلفة. وهذا يجعل من الصعب أحيانا ضمان اتساق المعلومات. المعلوماتية الحيوية التكاملية هي أحد المجالات التي تحاول معالجة هذه المشكلة من خلال توفير إمكانية وصول موحدة. وأحد الحلول هو كيفية أن تُشار قواعد البيانات البيولوجية إلى قواعد بيانات أخرى مع أرقام الانضمام لربط معارفها ذات الصلة ببعضها البعض
مفاهيم قواعد البيانات العلائقية لعلوم الكمبيوتر واسترجاع المعلومات من المفاهيم المكتبات الرقمية مهمة لفهم قواعد البيانات البيولوجية. تصميم قاعدة البيانات البيولوجية ، والتنمية ، والإدارة على المدى الطويل هو مجال أساسي من الانضباط للمعلوماتية الحيوية. وتشمل محتويات البيانات التسلسلات الجينية والأوصاف النصية، والسمات وتصنيفات علم البيانات، والاستشهادات، والبيانات الجدولية. هذه غالباً ما يتم وصفها بأنها بيانات شبه هيكلية، ويمكن تمثيلها كجداول، و سجلات محددة المفتاح، وبنيات XML.
قضية قاعدة بيانات أبحاث الأحماض النووية عدل
مورد مهم لإيجاد قواعد البيانات البيولوجية هو عدد سنوي خاص من مجلة أبحاث الأحماض النووية (NAR). وقاعدة البيانات قضية NAR متاحة بحرية ، وتصنيف العديد من قواعد البيانات المتاحة للجمهور على الانترنت المتعلقة البيولوجيا والمعلوماتية الحيوية. قاعدة بيانات مصاحبة لهذه المسألة تسمى مجموعة قواعد بيانات البيولوجيا الجزيئية على الإنترنت قوائم 1380 قواعد البيانات على الانترنت. مجموعات أخرى من قواعد البيانات موجودة مثل قاعدة التعريف ومجموعة الارتباطات المعلوماتية الحيوي. (5)(6)
وصول عدل
معظم قواعد البيانات البيولوجية متاحة من خلال مواقع على شبكة الإنترنت التي تنظم البيانات بحيث يمكن للمستخدمين تصفح البيانات عبر الإنترنت. وبالإضافة إلى ذلك، فإن البيانات الأساسية عادة ما تكون متاحة للتنزيل في أشكال متنوعة. تأتي البيانات البيولوجية في أشكال عديدة. وتشمل هذه الأشكال النص، وبيانات التسلسل، وبنية البروتين والروابط. ويمكن العثور على كل من هذه من مصادر معينة، على سبيل المثال:
- يتم توفير تنسيقات النص من قبل PubMed و OMIM. قدّم بيانات من قبل GenBank، من حيث الحمض النووي، و UniProt، من حيث البروتين. يتم توفير هياكل البروتين من قبل PDB، SCOP، وCATH.
قواعد البيانات الخاصة بالأنواع عدل
قواعد البيانات الخاصة بالأنواع متاحة لبعض الأنواع، ولا سيما الأنواع التي تستخدم غالبا في البحوث (الكائنات الحية النموذجية). على سبيل المثال، EcoCyc هي قاعدة بيانات E. coli. وتشمل قواعد البيانات الكائن الحي نموذج شعبية أخرى ماوس الجينوم المعلوماتية للماوس المختبر، Musculus، وقاعدة بيانات جينوم الفئران لراتوس، ZFIN لدانيو ريريو (حمار وحشي)، بومباس لخموشين خميرة الانشطار Schizosaccharomyces pombe، FlyBase لدروسفيلا، WormBase للنيماتود Caenorhabditis elegans وCaenorhabditis briggsae، وزينباس لزينبوس الاستوائية و وضفدع القيطم الافريقي.
أنظر أيضا عدل
- Biobank
- البيانات البيولوجية
- قاعدة بيانات كيميائية
- قاعدة بيانات مجال الموت
- المعهد الأوروبي للمعلومات الحيوية
- قاعدة بيانات الأمراض الجينية
- المعلوماتية الحيوية التكاملية
- قائمة قواعد البيانات البيولوجية
- نموذج قواعد بيانات الكائن الحي
- NCBI
- PubMed (قاعدة بيانات للأدب الطبي الحيوي)
[[تصنيف:قواعد بيانات حيوية]]
- ^ Szklarczyk D؛ Franceschini A؛ Kuhn M (يناير 2011). "The STRING database in 2011: functional interaction networks of proteins, globally integrated and scored". Nucleic Acids Res. ج. 39 ع. Database issue: D561–8. DOI:10.1093/nar/gkq973. PMID:21045058.
{{استشهاد بدورية محكمة}}: الوسيط غير المعروف|PMCID=تم تجاهله يقترح استخدام|pmc=(مساعدة) والوسيط غير المعروف|displayauthors=تم تجاهله يقترح استخدام|إظهار المؤلفين=(مساعدة)