تي-كوفي
تي-كوفي T-coffee (بالإنجليزية: Tree-based Consistency Objective Function For alignment Evaluation) هو مجموعة من الأدوات للحوسبة تتيح مقارنة عدة سلاسل بيولوجية؛ مثل: (بروتينات,DNA,RNA). يتم استخدامه لتحديد الاماكن المهمة في السلسلة ومناطق المحاذاة، ولإيجاد الاحماض الامينية التي لا تسمح بحدوث الطفرات، لديه ميزات متقدمة لتقييم نوعية المقارنة و القدرة على تحديد حدوث (motifs(Mocca,و كل ذلك يتم بتحديد السلسلة اولا من برمجية FASTA و هي الأكثر استخداماً. وهناك خاصية هامة يوفرها وهي قدرته على الجمع بين أساليب مختلفة وأنواع البيانات المختلفة. له العديد من التطبيقات : Expresso and 3D-Coffee, R-Coffee , M-coffee, Pro-coffee و غيرها.
| نوع |
برنامج معلوماتية حيوية |
|---|---|
| نظام التشغيل | |
| النموذج المصدري | |
| المطورون |
Cédric Notredame, Centro de Regulacio Genomica (CRG) - Barcelona |
| موقع الويب |
| لغة البرمجة | |
|---|---|
| التوثيق | |
| الإصدار التجريبي |
11.00.d27cadf |
| الإصدار الأخير |
11.00.8cbe486 |
| المستودع | |
| الرخصة |
كيفية الاستخدام عدل
نقوم بفتح البرنامج واختيار نوع التطبيق المطلوب وبعدها نقوم بوضع السلاسل البيولوجية التي نود مقارنتها.
كيفية معاينة النتيجة
النتيجة ستظهر السلاسل البيولوجية بألوان تحدد مناطق المحاذاة، شدة التطابق بينها يتم معيانتها حسب الالوان
BAD : بنفسجي-اخضر
AVG : اصفر
GOOD : احمر
المرجع عدل
- ^ وصلة مرجع: https://github.com/cbcrg/tcoffee. الوصول: 18 سبتمبر 2019.
- ^ "What is T-Coffee?". اطلع عليه بتاريخ 2024-03-01.
